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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000697

染色体: Chr06 坐标: 6205695-6209469 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000697
名称SmilChr06G000697
描述zinc finger BED domain-containing protein DAYSLEEPER
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6205695 - 6209469 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988245
GeneID130988245
locus_tag-
NCBI NameLOC130988245
原始查询SmilChr06G000697

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger BED domain-containing protein DAYSLEEPER
产物zinc finger BED domain-containing protein DAYSLEEPER
ArabidopsisAT3G42170 (DAYSLEEPER)
BED zinc finger and hAT dimerization domain-containing protein DAYSLEEPER [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3769417]
identity=59.6; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0733400
-
identity=50.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF05699 (Dimer_Tnp_hAT); PF14372 (hAT-like_RNase-H); PF27039 (ZBED1_RNase-like_helical); PF27041 (ZBED1_RNase-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988245

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768018.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768018.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768018.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768018.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768018.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6207333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr6:6207543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr6:6207683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr6:6207860 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B93
Chr6:6207860 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B93
Chr6:6207920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C53
Chr6:6208111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:6208325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C43
Chr6:6208407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B3,B90,B92,C83
Chr6:6208517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr6:6208639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:6208640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768018.1
699 aa
N
1
350
699
ZBED1_RNase-like
ZBED1_RNase-like_helical
hAT-like_RNase-H
Dimer_Tnp_hAT
C
PF27041 ZBED1_RNase-like 227-322 aa PF27039 ZBED1_RNase-like_helical 326-435 aa PF14372 hAT-like_RNase-H 455-546 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 599-681 aa
XP_057768020.1
699 aa
N
1
350
699
ZBED1_RNase-like
ZBED1_RNase-like_helical
hAT-like_RNase-H
Dimer_Tnp_hAT
C
PF27041 ZBED1_RNase-like 227-322 aa PF27039 ZBED1_RNase-like_helical 326-435 aa PF14372 hAT-like_RNase-H 455-546 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 599-681 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768018.1 Pfam PF27041 ZBED1_RNase-like Domain 227 322 4.1e-31 107.7 ZBED1 RNase-like domain
XP_057768018.1 Pfam PF27039 ZBED1_RNase-like_helical Domain 326 435 1.6e-39 135.2 ZBED1 RNase-like helical domain
XP_057768018.1 Pfam PF14372 hAT-like_RNase-H Domain 455 546 2.4e-35 121.4 hAT-like transposase, RNase-H fold
XP_057768018.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 599 681 3.3e-29 101.2 hAT family C-terminal dimerisation region
XP_057768020.1 Pfam PF27041 ZBED1_RNase-like Domain 227 322 4.1e-31 107.7 ZBED1 RNase-like domain
XP_057768020.1 Pfam PF27039 ZBED1_RNase-like_helical Domain 326 435 1.6e-39 135.2 ZBED1 RNase-like helical domain
XP_057768020.1 Pfam PF14372 hAT-like_RNase-H Domain 455 546 2.4e-35 121.4 hAT-like transposase, RNase-H fold
XP_057768020.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 599 681 3.3e-29 101.2 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912035.1
CGGTGGGCTGTGTGGTCACACATTTAAAACCAGCAAAAAATAGTCATATGATGTGAAGTAAAAGAAGAAGAAAAAATAAAAAAATAAAAAAAATAAAAGTTTTGAAACGAAACACGCACTAATACACGCCGAGATTCACACAGCAAACAAATTAGATGGACCTCAAAGTCCATATCCAATTCCCTTTAATATTTCGCCCTACCCCAACAATAATAAACCTTATCACATAGCCAACCCCAAAAAACTAGGTCCAATTGCAA...
XM_057912037.1
TCTGTTACTATTTATTAAATTTTGAATAATTCTGGGCTTGTTTGTTTCTTTTATTATTATTAAGTCCACCGATCTGCAGTAAAAATTACTTTGTTAGAACTATTTTCTGTTTTGGAGCTAGTTTAGATATGCTCTGTTCATGACTTTGATCTGGGCTTCTATGATGATACTTTATGAATCCGTGTTGTTGAAGCGTTAGATCTGTTGAAGCTCGTGGTTTTGGTGGCTGACTTGTTAATGGGCGGGCCGTTGACTATGTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988245
ATGGAGGTTGAAAACCCTAATCCTGTCATGAATAATGAACTTGTCCCGATGGAAGATGCGCAGCCCATGGAGACAGAGATGCAACTCGACCTTTTTGAACCTGAAGCCAACCATTCTGAAGATCTTACACCGATTGTTGAGCAGCAACCTACTAAACGTAGGAAAAAGAAGTCGGTTGTCTGGGAGCATTTCACTATCGAAACAGTTGGTACTGGATGTAGGAGGGCATGCTGTAAGCAATGCAAACAGTCATTTGCCTA...
LOC130988245
ATGGAGGTTGAAAACCCTAATCCTGTCATGAATAATGAACTTGTCCCGATGGAAGATGCGCAGCCCATGGAGACAGAGATGCAACTCGACCTTTTTGAACCTGAAGCCAACCATTCTGAAGATCTTACACCGATTGTTGAGCAGCAACCTACTAAACGTAGGAAAAAGAAGTCGGTTGTCTGGGAGCATTTCACTATCGAAACAGTTGGTACTGGATGTAGGAGGGCATGCTGTAAGCAATGCAAACAGTCATTTGCCTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768018.1
MEVENPNPVMNNELVPMEDAQPMETEMQLDLFEPEANHSEDLTPIVEQQPTKRRKKKSVVWEHFTIETVGTGCRRACCKQCKQSFAYSTGNKVAGTSHLKRHIAKGTCPVVLRNQERNNQSTPYSAPPKMSSFTDTPKRRYRTAAVPYISFDADRCRHEIARMIIMHDYPLHMVEHPGFVAFVQNLQPRFDMVSFNTVQGDCVATYLREKASIQRVIEGVPGRICLTLDLWPSSRTIGYMFVSGQFIDSDWKMHRKLLNV...
XP_057768020.1
MEVENPNPVMNNELVPMEDAQPMETEMQLDLFEPEANHSEDLTPIVEQQPTKRRKKKSVVWEHFTIETVGTGCRRACCKQCKQSFAYSTGNKVAGTSHLKRHIAKGTCPVVLRNQERNNQSTPYSAPPKMSSFTDTPKRRYRTAAVPYISFDADRCRHEIARMIIMHDYPLHMVEHPGFVAFVQNLQPRFDMVSFNTVQGDCVATYLREKASIQRVIEGVPGRICLTLDLWPSSRTIGYMFVSGQFIDSDWKMHRKLLNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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