Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000707`

染色体: Chr06 坐标: 6345715-6346469 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000707`
名称	SmilChr06G000707
描述	transcription factor MYB82-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	6345715 - 6346469 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988257`
GeneID	`130988257`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988257`
原始查询	`SmilChr06G000707`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB82-like
产物	transcription factor MYB82-like
Arabidopsis	`AT5G52600` (MYB82) myb domain protein 82 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835337] identity=52.4; qcov=1.07; evalue=2.12e-63; confidence=high
Rice	`Os01g0695900` (OsMyb4) - identity=63.5; qcov=0.528; evalue=3.45e-46; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988257

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768041.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768041.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768041.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768041.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057768041.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:6345835`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A3,B82,C83
`Chr6:6345949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C18
`Chr6:6346003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B65,C43,C49
`Chr6:6346024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:6346028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr6:6346030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr6:6346198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr6:6346293`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C84
`Chr6:6346293`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C84
`Chr6:6346443`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	65	A1,A18,A21,A22,A25,A5,A7,B102,B105,B108,B114,B118,B124,B130,B137,B138,B14,B17,B19,B2,B25,B32,B34,B44,B49,B5,B54,B59,B61,B62,B69,B7,B74,B75,B78,B95,C1,C2,C23,C26,C29,C30,C31,C32,C35,C36,C39,C45,C48,C49,C53,C56,C57,C6,C68,C7,C70,C75,C8,C82,C85,C9,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768041.1

197 aa

197

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

PF00249 Myb_DNA-binding 17-63 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 19-70 aa PF00249 Myb_DNA-binding 69-114 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 73-122 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768041.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	17	63	1e-32	112.7	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057768041.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	19	70	7.1e-22	78.1	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057768041.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	69	114	1e-32	112.7	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057768041.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	73	122	7.1e-22	78.1	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912058.1
AGTAAGAAAAGGTGGAGAGAGAGAGATGGAGGGGAAAGAAGAAGAAGAAGTGAAGAAGGGAAGTTTGAGAAAGGGTTTCTGGAAACCAGAAGAGGATATGATACTGAAGAAATATGTGGAGAGTCACGGCGAAGGCAAGTGGAGCTTAGTATCGAAGAAAACAGGATTGATGAGAGGCGGCAAGAGCTGCAGGCTGCGATGGAAGAACTACCTCAGACCTAACATCAAACGAGGCATTATGTCTCAAGATGAGAAGGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988257
ATGGAGGGGAAAGAAGAAGAAGAAGTGAAGAAGGGAAGTTTGAGAAAGGGTTTCTGGAAACCAGAAGAGGATATGATACTGAAGAAATATGTGGAGAGTCACGGCGAAGGCAAGTGGAGCTTAGTATCGAAGAAAACAGGATTGATGAGAGGCGGCAAGAGCTGCAGGCTGCGATGGAAGAACTACCTCAGACCTAACATCAAACGAGGCATTATGTCTCAAGATGAGAAGGATCTTATTATTCGCCTGCATAAGCTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768041.1
MEGKEEEEVKKGSLRKGFWKPEEDMILKKYVESHGEGKWSLVSKKTGLMRGGKSCRLRWKNYLRPNIKRGIMSQDEKDLIIRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTDNEVKNYWNTHLNKRPSRAQIHEPPPPPTLIEAAPPIAKIEGGNAGTWIGNGMHPDFEAYTYMPILDNLVYSASFDEIIMHEHDQTIFNFYSLLN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器