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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000714

染色体: Chr06 坐标: 6466654-6469206 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000714
名称SmilChr06G000714
描述uncharacterized SmilChr06G000714
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6466654 - 6469206 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988264
GeneID130988264
locus_tag-
NCBI NameLOC130988264
原始查询SmilChr06G000714

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988264

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057768051.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057768051.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768051.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768051.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768051.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6467435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:6467450 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 24 B100,B103,B106,B108,B13,B17,B22,B23,B27,B36,B38,B39,B51,B57,B64,B73,B81,B98,C1,C55,C58,C71,C79,C80
Chr6:6467459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:6467488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:6467511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr6:6467941 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B61
Chr6:6467941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr6:6467993 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 30 A25,B110,B121,B15,B22,B29,B42,B43,B49,B58,B60,B62,B67,B72,B79,C14,C18,C34,C37,C41,C44,C45,C55,C73,C78,C84,D1,D2,D5,D6
Chr6:6468033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:6468322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B62,B7,C85
Chr6:6468369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B77,C38
Chr6:6469040 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 7 A8,A9,B127,B13,B18,B88,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912068.1
CGCCTCAAACAGTCGTGCCCGCACCCGCACAGGCACACATCAGACAACGCGCCCCCGTCGTCGCCCTCCAGGTCGTTGTCCTCCACCATAGCTGTCAGCATCAGCTGCAAGCATTATCGCCACCTTCGTCGCCTCCATCCAACGGAGATGAGTAGGCTCCTCAGCCAGAGGTGTGTGAATGTGTTGCTGACAAATCCTATTTGGGTGGTTGTGACTCGCATGCAGTTGCTGATTTTCCACTTGGTCAAAACCCTTCATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988264
ATGAGTAGGCTCCTCAGCCAGAGGTGTGTGAATGTGTTGCTGACAAATCCTATTTGGGTGGTTGTGACTCGCATGCAGTTGCTGATTTTCCACTTGGTCAAAACCCTTCATGAATCGATAGTGATTATTTCAAATGTAGTTTTAGGAGCAGAGGAGCGGCGCCAAAGTAGGGACTTCTTTGGTTGGATGAAATTACAGGTGAAGGCTGCCTACGAGAGGAGATGTGGAGCCTGCCAACCTGGGGAGATTCCTACGTTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768051.1
MSRLLSQRCVNVLLTNPIWVVVTRMQLLIFHLVKTLHESIVIISNVVLGAEERRQSRDFFGWMKLQVKAAYERRCGACQPGEIPTLLDLGLNPNAATGQILFLGR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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