Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000722

染色体: Chr06 坐标: 6596797-6598158 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000722
名称SmilChr06G000722
描述thylakoid lumenal 16.5 kDa protein, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6596797 - 6598158 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988275
GeneID130988275
locus_tag-
NCBI NameLOC130988275
原始查询SmilChr06G000722

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thylakoid lumenal 16.5 kDa protein, chloroplastic
产物thylakoid lumenal 16.5 kDa protein%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G02530 (AT4G02530)
chloroplast thylakoid lumen protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827927]
identity=51.6; qcov=1.05; evalue=2.92e-62; confidence=high
RiceOs06g0705100
-
identity=54.5; qcov=0.86; evalue=1.25e-59; confidence=high
GOGO:0010206 (photosystem II repair)
KEGG-
PfamPF20675 (MPH2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988275

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057768062.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057768062.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.80000 XP_057768062.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768062.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768062.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768062.1
207 aa
N
1
104
207
MPH2
C
PF20675 MPH2 101-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768062.1 Pfam PF20675 MPH2 Family 101 207 1.1e-40 139.4 Maintenance of Photosystem II under High light 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912079.1
TATTAAGAATAGGTTTTAAAGTGTAAAATAGGAATTATGAGTCCTCATACGTGGCATGATCTGAGCGAGCTGATTCATTGGCATGAGGAGGAAAATCTCGCAATCTTATCTTGTGCAGTTTGAAACTGCCACAACTTCTTCCCTTCTTTGCCACCAAAATACAAACAGATAAAAATGGCTACATTTTTGCTCTCCAATGCAAAACTGTTTCTCCCCCTTCCATCCACTTGTTCACCTTCTACATCTCATACGCAGATTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988275
ATGGCTACATTTTTGCTCTCCAATGCAAAACTGTTTCTCCCCCTTCCATCCACTTGTTCACCTTCTACATCTCATACGCAGATTGTATGCAGATCTGCTTCTATCGACCCCTCCTCCATTGTTACAACCAGGAGAAGCATCGCCCTGTCTCTCGCCGGCGCCGCCACTTTCCTCTCTGCCAATGCCGGCGCCGCTATCTTGGAGGCCGATGAAGACGACGAGCTGATGGAGAAGGTGAAGAAAGATAGGAAGAAGAGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768062.1
MATFLLSNAKLFLPLPSTCSPSTSHTQIVCRSASIDPSSIVTTRRSIALSLAGAATFLSANAGAAILEADEDDELMEKVKKDRKKRIEKQGVISSSTQEKAYLQDVVYKLSKIGQAIEKKDLAEANSVIGSTKDTQWLQKVNSALNKLSSSEEEKTAVDLFNLSMATLISSISENDEEASKIAFVASATAFEKWTSLSGLAGQLKGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器