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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000731

染色体: Chr06 坐标: 6725476-6729825 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000731
名称SmilChr06G000731
描述uncharacterized SmilChr06G000731
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6725476 - 6729825 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988282
GeneID130988282
locus_tag-
NCBI NameLOC130988282
原始查询SmilChr06G000731

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleoporin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832143]; symbol=AT5G20200; hit=AT5G20200; species=arabidopsis; confidence=low
产物nucleoporin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832143]; symbol=AT5G20200; hit=AT5G20200; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G20200 (AT5G20200)
nucleoporin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832143]
identity=29.1; qcov=1.09; evalue=3.44e-44; confidence=low
RiceOs06g0606900
-
identity=29.3; qcov=0.369; evalue=4.28e-14; confidence=low
GOGO:0005635 (nuclear envelope); GO:0071763 (nuclear membrane organization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988282

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768069.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.80000 XP_057768069.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057768069.1
4 Nuclear pore complex 核孔复合体 0.40000 XP_057768069.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768069.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6725900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B44,B51,C27
Chr6:6726028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C64,C66,D1
Chr6:6726158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B124,B2,C8
Chr6:6726562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B72
Chr6:6726589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr6:6726657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr6:6726778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:6726792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B72
Chr6:6726852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C85
Chr6:6726877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B72
Chr6:6726911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,C2,C32,C68
Chr6:6726966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912086.1
CATACTAGTCTAAACCAAATAGTAGTAACAATTTGAGGGGGCTTAGAGTGCATTTCTCAATTCTCAATAAACAAAAGTGCCATCGTCGATTATGAATGTGTCGAGCTTCGGCCGCCATCAACATCAAAGAATTCTCTGTGTTCTCATTTGAATTTTGAGTTGCAAAATCATGAATATTTCCGGCGCTAATTTGCGCGAAACCACTCAGTCTATAGTGCTCAGATCTACTGAAGAAAAGGATGGAATTCGGGCTGATTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988282
ATGAATATTTCCGGCGCTAATTTGCGCGAAACCACTCAGTCTATAGTGCTCAGATCTACTGAAGAAAAGGATGGAATTCGGGCTGATTCCGATTTTGCCAGAATCGAGGAGTTGATTAAAGGCAACACTTTTACTAGGGAGGAAATCACTCATTTGATGGAGATATTAAATTCAAGGGTGAACAAGGAGGAGGAGCAAAAATCAAGCAGTAATTCTCAAGGAGATGCTCAACTGATTCCATGGAGGCCTGAGATACTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768069.1
MNISGANLRETTQSIVLRSTEEKDGIRADSDFARIEELIKGNTFTREEITHLMEILNSRVNKEEEQKSSSNSQGDAQLIPWRPEILKTPSEGRQEYKERTVIGYSCEKSDVPGVSASPIDIARAYMARRTTEEGQDLHNSISKGERAQPTNEFARKPLLFPSPSPKPSICWPGSVVHTRHGYTTPQSQRGRSRLQDFPRTPYSRTIFSKPKTKMQVDSQYANTSTPFRQPQASPYEQVKSRGVTVDAYGSVGPIRHIRNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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