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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000738`

染色体: Chr06 坐标: 6820627-6842953 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000738`
名称	SmilChr06G000738
描述	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	6820627 - 6842953 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990413`
GeneID	`130990413`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990413`
原始查询	`SmilChr06G000738`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like
产物	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like
Arabidopsis	`AT5G59180` (NRPB7) DNA-directed RNA polymerase II [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836036] identity=84.9; qcov=1.01; evalue=8.23e-85; confidence=high
Rice	`Os05g0400700` - identity=86.2; qcov=1; evalue=4.41e-85; confidence=high
GO	GO:0000291 (GO:0000291); GO:0000932 (P-body); GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0003727 (single-stranded RNA binding); GO:0005665 (RNA polymerase II, core complex); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter); GO:0031369 (translation initiation factor binding); GO:0045948 (positive regulation of translational initiation); GO:0060213 (positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00575 (S1); PF03876 (SHS2_Rpb7-N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057770632.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057770632.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057770632.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770632.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770632.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:6820643`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	99	A10,A16,A24,A3,A5,A6,B10,B104,B105,B106,B114,B115,B117,B122,B128,B129,B130,B131,B132,B134,B136,B16,B19,B2,B21,B27,B28,B3,B33,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B50,B52,B53,B55,B57,B59,B61,B63,B65,B69,B71,B74,B78,B8,B80,B84,B97,B98,C1,C13,C17,C19,C20,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C35,C38,C39,C4,C42,C44,C46,C47,C49,C54,C56,C59,C60,C61,C64,C65,C66,C70,C71,C72,C77,C78,C79,C8,C80,C83,C85,C86,D4,D7,D9
`Chr6:6821451`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B112,B120,B63,B77,B83,C21
`Chr6:6821470`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	62	A13,A16,A18,A6,B10,B105,B106,B113,B114,B117,B124,B125,B130,B131,B132,B134,B2,B27,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B44,B48,B50,B53,B57,B61,B63,B65,B80,B83,B84,B91,B97,B99,C13,C20,C25,C27,C28,C29,C30,C31,C38,C39,C44,C46,C56,C59,C64,C65,C66,C71,C72,C8,C80,C85,C86,D6
`Chr6:6821609`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr6:6821666`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B55,B78,C23
`Chr6:6821666`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,B78,C23
`Chr6:6821695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr6:6821709`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B3,B52,C83
`Chr6:6821713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C25
`Chr6:6821729`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C10,C21
`Chr6:6821940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,C14,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770632.1

138 aa

138

SHS2_Rpb7-N

PF03876 SHS2_Rpb7-N 9-63 aa PF00575 S1 78-122 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770632.1`	Pfam	`PF03876`	SHS2_Rpb7-N	Domain	9	63	1e-13	51.9	SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397
`XP_057770632.1`	Pfam	`PF00575`	S1	Domain	78	122	1.5e-09	38.8	S1 RNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914649.1
ATATTTGTAATTATATTTATATATTATGAAATGTTCCTACGAATATATTTTATGGTGTTTGCGTTTGTATGTTGATGAATGATGAATGTGCAAACTTTAAATTCTGCATTTGGACTGGGAATTTGTTTAACTTCGGATGGTGTTTATTGCTTTTGTTGTGCAAATGCTCAGACATACGAACAAATCATTCAACCAACCTCTTTAATTTTTTATGTGTTTCTTTTCCTGATTCAGGATTTTACCCTTTCATGTCCATAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990413
ATGTTTTTCCACATGGTGTTGGAGAACATGCAACTACACCCTCGTCACTTTGGGCGTGATCTCCGGGATAAGCTTGTGGCCAAGCTCATGAAAGATGTTGAAGGCACTTGCAGTGGTCACCATGGGTTTGTTGTCGCAATAAGTGGCATCGACAGTGTTGGGAAAGGGCTGATTCGTGATGGGACCGGATTTGTTACTTTTCCGGTTAAGTACCAGTGTGTTGTATTTCGACCTTTTAAGGGAGAGATTCTGGAAGCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770632.1
MFFHMVLENMQLHPRHFGRDLRDKLVAKLMKDVEGTCSGHHGFVVAISGIDSVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQPGDIPNYTTSDGSNSVCKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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