当前解析结果
SmilChr06G000739| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000739 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000739 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000739 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 6825335 - 6826951 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990415 |
|---|---|
| GeneID | 130990415 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990415 |
| 原始查询 | SmilChr06G000739 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G29750 (AT3G29750)Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822661] identity=32.8; qcov=0.238; evalue=6.29e-10; confidence=weak |
| Rice | Os04g0191000- identity=29.6; qcov=0.991; evalue=4.71e-64; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990415 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770633.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057770633.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057770633.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770633.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770633.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:6825340 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr6:6825344 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 34 | A10,B102,B103,B106,B11,B113,B119,B129,B136,B138,B16,B23,B31,B4,B47,B57,B7,B72,B73,B75,B8,B80,B86,B9,C1,C12,C3,C30,C35,C44,C64,C66,C75,C81 |
Chr6:6825345 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B23 |
Chr6:6825345 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr6:6825358 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr6:6825379 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B17,C47,C6 |
Chr6:6825399 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B72,C6 |
Chr6:6825408 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B14,C24,C34,C40,C50 |
Chr6:6825436 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B14,C24,C34,C40,C50 |
Chr6:6825436 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B14,C24,C34,C40,C50 |
Chr6:6825460 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B120,B139,B32,C4,D11 |
Chr6:6825474 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770633.1PF19259
Ty3_capsid 1-109 aa
PF13650
Asp_protease_2 276-362 aa
PF13975
gag-asp_proteas 276-364 aa
PF08284
RVP_2 284-371 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 285-365 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770633.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 1 | 109 | 4.5e-10 | 40.0 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057770633.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 276 | 362 | 3.6e-08 | 34.7 | Aspartyl protease |
XP_057770633.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 276 | 364 | 3.7e-10 | 40.9 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057770633.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 284 | 371 | 5.8e-13 | 49.5 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057770633.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 285 | 365 | 9.6e-10 | 39.6 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。