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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000742

染色体: Chr06 坐标: 6895692-6896402 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000742
名称SmilChr06G000742
描述uncharacterized SmilChr06G000742
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6895692 - 6896402 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988291
GeneID130988291
locus_tag-
NCBI NameLOC130988291
原始查询SmilChr06G000742

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988291

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768085.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057768085.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768085.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768085.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768085.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6895761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,C39,C56
Chr6:6895773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr6:6895886 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A19,A9,B107,C2,C23,C55,C73
Chr6:6895908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B107,C2,C23,C73
Chr6:6895947 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 7 A24,B96,C50,C63,C77,C84,D5
Chr6:6895963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B96,C50,C63
Chr6:6895966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B84
Chr6:6896024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr6:6896029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:6896031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B2
Chr6:6896050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C69,D3
Chr6:6896052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,C39,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912102.1
TGAGAAGAACATTCATATCGCAGATGCACAGTATGATACTTTCATGAGGATGCACTTTAAGAAAGGACAGTTCGATGGACGGGCACAGACTCAGGGTCTTGAGATACATCGTCGAGTCGAGGAGTTACGCTCTACTCTTGGACGAGATGTCACTCCAGATGAGGTCAGTCAGATCTATAGGGAGGTGGTGACGCCAGATCCGAAGGGGCGTAGACTCGGATTGGGCATTATGTCTCAGATGCGTTCCACTGGTTCGACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988291
ATGAGGATGCACTTTAAGAAAGGACAGTTCGATGGACGGGCACAGACTCAGGGTCTTGAGATACATCGTCGAGTCGAGGAGTTACGCTCTACTCTTGGACGAGATGTCACTCCAGATGAGGTCAGTCAGATCTATAGGGAGGTGGTGACGCCAGATCCGAAGGGGCGTAGACTCGGATTGGGCATTATGTCTCAGATGCGTTCCACTGGTTCGACGAGCACTCATTCGACGTGCTCGTCTCAATTTCCTTCAGCATCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768085.1
MRMHFKKGQFDGRAQTQGLEIHRRVEELRSTLGRDVTPDEVSQIYREVVTPDPKGRRLGLGIMSQMRSTGSTSTHSTCSSQFPSASVSAQIAQLQTELEQTQQREATLQATLQAEVQER

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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