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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000747

染色体: Chr06 坐标: 6943986-6946851 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000747
名称SmilChr06G000747
描述protein SQS1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6943986 - 6946851 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990418
GeneID130990418
locus_tag-
NCBI NameLOC130990418
原始查询SmilChr06G000747

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SQS1-like
产物protein SQS1-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990418

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770636.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057770636.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770636.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770636.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770636.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6943992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:6944005 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 D2
Chr6:6944005 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 D2
Chr6:6944237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr6:6944689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr6:6944703 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 9 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
Chr6:6944704 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 160 A1,A10,A11,A14,A15,A16,A19,A20,A22,A24,A25,A3,A4,A8,A9,B1,B10,B104,B105,B106,B107,B109,B11,B111,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B13,B131,B132,B134,B137,B138,B14,B17,B2,B20,B22,B24,B26,B27,B29,B3,B32,B33,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B54,B55,B57,B58,B59,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B71,B72,B76,B78,B79,B81,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C10,C12,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C26,C27,C28,C29,C30,C31,C33,C34,C37,C39,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C8,C80,C81,C84,C85,C86,D1,D10,D11,D2,D6,D7
Chr6:6945359 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 9 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
Chr6:6945388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:6945848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr6:6946341 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A23,C84
Chr6:6946341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914653.1
ATGGACAGTGATTCAAATGAAAGTGAAGAGGATCCAGATTTGAGTGTTGAAAGGACTGAGCAACAAGATGACGAAGAGGATCCAGATTTGAGTGTTGAAAGGACTGAGCAACAAGATGACGAAGAGGATCCAGAATTTGAAAGGGCTGATCAGCAAGATGACGAAGAGGTTCAAGAATTAGATTTGAGTTTTGAAAGTGGTGATCAGCAAGATGACGAAGAGGAACCAGAAGTAGATTTCAAGGGATATATATTACCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990418
ATGGACAGTGATTCAAATGAAAGTGAAGAGGATCCAGATTTGAGTGTTGAAAGGACTGAGCAACAAGATGACGAAGAGGATCCAGATTTGAGTGTTGAAAGGACTGAGCAACAAGATGACGAAGAGGATCCAGAATTTGAAAGGGCTGATCAGCAAGATGACGAAGAGGTTCAAGAATTAGATTTGAGTTTTGAAAGTGGTGATCAGCAAGATGACGAAGAGGAACCAGAAGTAGATTTCAAGGGATATATATTACCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770636.1
MDSDSNESEEDPDLSVERTEQQDDEEDPDLSVERTEQQDDEEDPEFERADQQDDEEVQELDLSFESGDQQDDEEEPEVDFKGYILPTKKELEQELRLSVEDLIPKLQKRTDEIASILNNSELYTFDNKSLRQDFVDQYVADTCFRKKTPQDQIDDVVADFMDKDVKASTYCGVMAFTGDGTFYIALLMKNIGTIIESVKDELSSRAFVKKLKRMRVKNTYS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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