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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000750

染色体: Chr06 坐标: 6962441-6966236 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000750
名称SmilChr06G000750
描述protein argonaute 4A-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6962441 - 6966236 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988298
GeneID130988298
locus_tag-
NCBI NameLOC130988298
原始查询SmilChr06G000750

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein argonaute 4A-like
产物protein argonaute 4A-like
ArabidopsisAT2G27040 (AGO4)
Argonaute family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817246]
identity=66.4; qcov=0.97; evalue=6.33e-160; confidence=high
RiceOs04g0151800 (OsAGO4b)
-
identity=64.4; qcov=0.97; evalue=2.6e-162; confidence=high
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0035194 (regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing)
KEGG-
PfamPF02171 (Piwi)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988298

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768089.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057768089.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057768089.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768089.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768089.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6963207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr6:6963264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr6:6963266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:6963275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B76,C87,D11
Chr6:6963289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr6:6963291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr6:6963599 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 33 A10,A13,A16,B105,B106,B107,B113,B115,B119,B13,B134,B136,B19,B28,B4,B65,B66,B71,B85,B86,B94,C20,C25,C28,C40,C47,C59,C61,C72,C78,C85,C9,D2
Chr6:6964471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr6:6965330 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 116 A1,A11,A13,A15,A19,A21,A23,A24,A4,A6,B1,B10,B100,B104,B105,B107,B109,B110,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B126,B131,B132,B134,B138,B14,B18,B19,B2,B20,B21,B24,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B37,B45,B47,B48,B49,B50,B54,B55,B58,B59,B6,B61,B65,B66,B67,B68,B7,B71,B72,B77,B78,B79,B81,B84,B85,B86,B88,B9,B93,B99,C10,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C22,C23,C26,C28,C33,C34,C37,C39,C46,C47,C5,C50,C51,C56,C57,C59,C61,C62,C63,C67,C7,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C84,C86,C9,D10,D2,D4,D5
Chr6:6965625 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,C64,C66,C85
Chr6:6966167 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B14,B16,B96,C17
Chr6:6966167 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B14,B16,B96,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768089.1
367 aa
N
1
184
367
Piwi
C
PF02171 Piwi 18-326 aa
XP_057768090.1
365 aa
N
1
182
365
Piwi
C
PF02171 Piwi 18-326 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768089.1 Pfam PF02171 Piwi Domain 18 326 5.3e-97 325.4 Piwi domain
XP_057768090.1 Pfam PF02171 Piwi Domain 18 326 5.2e-97 325.5 Piwi domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912107.1
ATGGGCTATGGTGAACTTCTCTTCTCGTTGCGACATGTCAAAGCTGGGTAGAGACTTGAGAAGATGCGGATGATTAGCATGGTCATTTCAAAGCGTCCTGGACGCCCTCAGTTTCTCCTCTGCATTCTGCCAGATAGGAAAAACTCTGATCTCTATGGCCCATGGAAGAAGAGGACTCTTTCTGAACTTGGTGTGGTGACTCAATGCCTTGCGCCTGGGCCGTGCATCAACAAGCAGTACTTAACAAACGTGTTGCTGAA...
XM_057912106.1
ATGGGCTATGGTGAACTTCTCTTCTCGTTGCGACATGTCAAAGCTGGGTAGAGACTTGAGAAGATGCGGATGATTAGCATGGTCATTTCAAAGCGTCCTGGACGCCCTCAGTTTCTCCTCTGCATTCTGCCAGATAGGAAAAACTCTGATCTCTATGGCCCATGGAAGAAGAGGACTCTTTCTGAACTTGGTGTGGTGACTCAATGCCTTGCGCCTGGGCCGTGCATCAACAAGCAGTACTTAACAAACGTGTTGCTGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988298
ATGCGGATGATTAGCATGGTCATTTCAAAGCGTCCTGGACGCCCTCAGTTTCTCCTCTGCATTCTGCCAGATAGGAAAAACTCTGATCTCTATGGCCCATGGAAGAAGAGGACTCTTTCTGAACTTGGTGTGGTGACTCAATGCCTTGCGCCTGGGCCGTGCATCAACAAGCAGTACTTAACAAACGTGTTGCTGAAGATCAATGCCAAGCTTGGTGGCCTGAATTCAGTCTTAACTACGGAATACGCTCGTCCATTGCC...
LOC130988298
ATGCGGATGATTAGCATGGTCATTTCAAAGCGTCCTGGACGCCCTCAGTTTCTCCTCTGCATTCTGCCAGATAGGAAAAACTCTGATCTCTATGGCCCATGGAAGAAGAGGACTCTTTCTGAACTTGGTGTGGTGACTCAATGCCTTGCGCCTGGGCCGTGCATCAACAAGCAGTACTTAACAAACGTGTTGCTGAAGATCAATGCCAAGCTTGGTGGCCTGAATTCAGTCTTAACTACGGAATACGCTCGTCCATTGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768089.1
MRMISMVISKRPGRPQFLLCILPDRKNSDLYGPWKKRTLSELGVVTQCLAPGPCINKQYLTNVLLKINAKLGGLNSVLTTEYARPLPLPLVYSKPTLIIGMDVSHGSPARDVPYVAAVVSSRQWPLISKYRAAVCTQPPRSEIIGSLFKPVSETVDAGIFRELLDDFYKTCGRKPAQIIIFRDGVSESQFNQILNAELEQIIKACKFRDERWDPKFMLVVAQKNHHTKIFQANSPENVPEGTVIDNEICHPRNNDFYLCA...
XP_057768090.1
MRMISMVISKRPGRPQFLLCILPDRKNSDLYGPWKKRTLSELGVVTQCLAPGPCINKQYLTNVLLKINAKLGGLNSVLTTEYARPLPLPLVYSKPTLIIGMDVSHGSPARDVPYVAAVVSSRQWPLISKYRAAVCTQPPRSEIIGSLFKPVSETVDAGIFRELLDDFYKTCGRKPAQIIIFRDGVSESQFNQILNAELEQIIKACKFRDERWDPKFMLVVAQKNHHTKIFQANSPENVPEGTVIDNEICHPRNNDFYLCA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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