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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000751

染色体: Chr06 坐标: 6966420-6967907 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000751
名称SmilChr06G000751
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09680
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6966420 - 6967907 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990419
GeneID130990419
locus_tag-
NCBI NameLOC130990419
原始查询SmilChr06G000751

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09680
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09680
ArabidopsisAT1G62680 (AT1G62680)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842565]
identity=31.2; qcov=0.713; evalue=1.59e-59; confidence=low
RiceOs03g0336000
-
identity=38.6; qcov=0.848; evalue=4.26e-91; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990419

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057770637.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057770637.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770637.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770637.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770637.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6966496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B79,B82,C78
Chr6:6966513 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B10,B24,C37
Chr6:6966513 CG C 1bp_deletion CDS_variant 3 B10,B24,C37
Chr6:6966519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:6966567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,B57
Chr6:6966573 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 31 A1,A10,A13,A3,A4,B108,B11,B111,B12,B20,B28,B3,B35,B41,B48,B60,B83,B86,B87,B97,C13,C15,C38,C4,C5,C52,C68,C82,D11,D5,D8
Chr6:6966586 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 3 A10,B41,B87
Chr6:6966586 T TA 1bp_insertion CDS_variant 3 A10,B41,B87
Chr6:6966629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B55,B86
Chr6:6966634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B21,B35
Chr6:6966657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B21,B35
Chr6:6966737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770637.1
495 aa
N
1
248
495
PPR_long
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_long
TPR_24
PPR_1
PPR
C
PF17177 PPR_long 114-227 aa PF12854 PPR_1 120-151 aa PF01535 PPR 127-156 aa PF13041 PPR_2 133-171 aa PF13812 PPR_3 146-203 aa PF12854 PPR_1 154-187 aa PF13041 PPR_2 160-206 aa PF01535 PPR 162-191 aa PF23276 TPR_24 163-252 aa PF12854 PPR_1 190-219 aa PF01535 PPR 197-225 aa PF13041 PPR_2 197-242 aa PF13812 PPR_3 221-275 aa PF12854 PPR_1 226-255 aa PF01535 PPR 231-257 aa PF13812 PPR_3 255-307 aa PF12854 PPR_1 261-292 aa PF13041 PPR_2 263-312 aa PF01535 PPR 266-296 aa PF13812 PPR_3 287-326 aa PF13041 PPR_2 298-347 aa PF01535 PPR 301-330 aa PF17177 PPR_long 313-439 aa PF23276 TPR_24 359-470 aa PF12854 PPR_1 408-439 aa PF01535 PPR 414-442 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770637.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 114 227 5.5e-22 78.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057770637.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 120 151 3.2e-69 229.0 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 127 156 6.5e-52 170.9 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 133 171 2.4e-78 258.8 PPR repeat family
XP_057770637.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 146 203 1.1e-37 128.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770637.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 154 187 3.2e-69 229.0 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 160 206 2.4e-78 258.8 PPR repeat family
XP_057770637.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 162 191 6.5e-52 170.9 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 163 252 1.6e-23 83.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057770637.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 190 219 3.2e-69 229.0 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 197 225 6.5e-52 170.9 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 197 242 2.4e-78 258.8 PPR repeat family
XP_057770637.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 221 275 1.1e-37 128.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770637.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 226 255 3.2e-69 229.0 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 231 257 6.5e-52 170.9 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 255 307 1.1e-37 128.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770637.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 261 292 3.2e-69 229.0 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 263 312 2.4e-78 258.8 PPR repeat family
XP_057770637.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 266 296 6.5e-52 170.9 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 287 326 1.1e-37 128.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057770637.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 298 347 2.4e-78 258.8 PPR repeat family
XP_057770637.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 301 330 6.5e-52 170.9 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 313 439 5.5e-22 78.9 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057770637.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 359 470 1.6e-23 83.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057770637.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 408 439 3.2e-69 229.0 PPR repeat
XP_057770637.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 414 442 6.5e-52 170.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914654.1
ATGCTTTCTTCCAAATCATGCACTTTTCTTCATCACTCCCCGATTTCTTCTGCATTCAATCCAAATCCGCCCTTCTTCTACACCACCAATTCATTCCATCGCCGTAAATTTCATGTATTCGCCGCTCCAATCAAAGAAAACCACCATCTTCACGGACACACGAGCGCCAGAAAACTGCAAGTTGAAGATTTTCTTCAAACCGTTGCCACAGCTCCGGAAAAGCTCGAAGCGTTGGAAAAACTCCATAGAAATGGAGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990419
ATGCTTTCTTCCAAATCATGCACTTTTCTTCATCACTCCCCGATTTCTTCTGCATTCAATCCAAATCCGCCCTTCTTCTACACCACCAATTCATTCCATCGCCGTAAATTTCATGTATTCGCCGCTCCAATCAAAGAAAACCACCATCTTCACGGACACACGAGCGCCAGAAAACTGCAAGTTGAAGATTTTCTTCAAACCGTTGCCACAGCTCCGGAAAAGCTCGAAGCGTTGGAAAAACTCCATAGAAATGGAGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770637.1
MLSSKSCTFLHHSPISSAFNPNPPFFYTTNSFHRRKFHVFAAPIKENHHLHGHTSARKLQVEDFLQTVATAPEKLEALEKLHRNGEIQTINELNRLLVSLISSDEVELARKLKSSLSSLGLFPNVWTYSILVKGFCKSNATTEATSVLHEMLENGFEPNVATFTTLINSLCESGRMRDACEVFDVMSKIGCKPTINTFNCLLKGLCYVGRIEEAYDLLGRIKKSSIKPDIYSYTAMMDGFCKVGRSNEAMELLVEAMKMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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