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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000753

染色体: Chr06 坐标: 6980550-6982519 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000753
名称SmilChr06G000753
描述polyol transporter 5-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6980550 - 6982519 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988301
GeneID130988301
locus_tag-
NCBI NameLOC130988301
原始查询SmilChr06G000753

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polyol transporter 5-like
产物polyol transporter 5-like
ArabidopsisAT3G18830 (PMT5)
polyol/monosaccharide transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821416]
identity=58.8; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0582400
-
identity=57; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015144 (carbohydrate transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988301

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768095.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057768095.1
3 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057768095.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768095.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768095.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6980810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:6981275 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 4 A8,B127,B18,D8
Chr6:6981275 AC A 1bp_deletion CDS_variant 4 A8,B127,B18,D8
Chr6:6981301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr6:6981400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr6:6981433 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 10 A24,B107,B12,B120,B55,B86,C15,C2,C33,C62
Chr6:6981525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:6981547 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr6:6981882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768095.1
480 aa
N
1
240
480
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 23-469 aa PF07690 MFS_1 30-418 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768095.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 23 469 4.2e-108 362.9 Sugar (and other) transporter
XP_057768095.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 30 418 7.4e-37 127.8 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912112.1
AGTAAATCGTGGAAGTAAATGCGAAATACTGATACCCATATCTCAAAAATCTGGAAAGTAAAGATCATAAAGGCACCACATTGTACTCCACGTGGCACTCTGATTTCAATAGCTCCAAGTTTTAATATTATCCCGATTTATCTCAAACTTCCACCAAAATTTCTCAACTGTAATTCTTGAATTGTTTCCATCATTTTTACACAAAACGAAATCATTGTTAAGTTAGAAATGGAATCCGAATCTGAATCCCAACAATGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988301
ATGGAATCCGAATCTGAATCCCAACAATGGCGAAGGCCTCGACTCAACAATTACGCCCTCGCTTGCGCCCTCTTGGCCTCCACCAATTCCATCCTCTTGGGATACGACATTGGGGTGATGAGCGGCGCAGCTCTCTTCATCAAACAAGACCTCCACATTTCCTCAGTTCAACATGAGATTTTGGTGGGCTCTCTCAATTTATTCTCCTTGATCGGCTCTCTCGCCTCCGGCAAGACCTCCGACTGCATCGGCCGCCGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768095.1
MESESESQQWRRPRLNNYALACALLASTNSILLGYDIGVMSGAALFIKQDLHISSVQHEILVGSLNLFSLIGSLASGKTSDCIGRRYTIVLAAAAFFAGALLMGLAPSYPFLIAGRAVAGVGVGYSLMIAPLYTAEVSPAVTRGFLTSLPEVFINVGILLGYVVNYALSGLSPRLNWRLMLGLAAVPAVAIAAGVIAMPESPRWLIMKGRAAEAQAVLRRTSETDEEADTRLEEITKAAAADSSDSHGRGVWRELLRPPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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