当前解析结果
SmilChr06G000753| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000753 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000753 |
| 描述 | polyol transporter 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 6980550 - 6982519 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988301 |
|---|---|
| GeneID | 130988301 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988301 |
| 原始查询 | SmilChr06G000753 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | polyol transporter 5-like |
| 产物 | polyol transporter 5-like |
| Arabidopsis | AT3G18830 (PMT5)polyol/monosaccharide transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821416] identity=58.8; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0582400- identity=57; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015144 (carbohydrate transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988301 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057768095.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057768095.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057768095.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768095.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768095.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:6980810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr6:6981275 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A8,B127,B18,D8 |
Chr6:6981275 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A8,B127,B18,D8 |
Chr6:6981301 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr6:6981400 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr6:6981433 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 10 | A24,B107,B12,B120,B55,B86,C15,C2,C33,C62 |
Chr6:6981525 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr6:6981547 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr6:6981882 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768095.1PF00083
Sugar_tr 23-469 aa
PF07690
MFS_1 30-418 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768095.1 |
Pfam | PF00083 |
Sugar_tr | Family | 23 | 469 | 4.2e-108 | 362.9 | Sugar (and other) transporter |
XP_057768095.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 30 | 418 | 7.4e-37 | 127.8 | Major Facilitator Superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。