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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000755

染色体: Chr06 坐标: 6990271-6994330 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000755
名称SmilChr06G000755
描述uncharacterized SmilChr06G000755
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6990271 - 6994330 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988302
GeneID130988302
locus_tag-
NCBI NameLOC130988302
原始查询SmilChr06G000755

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述thermosome subunit gamma [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832074]; symbol=AT5G19540; hit=AT5G19540; species=arabidopsis; confidence=high
产物thermosome subunit gamma [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832074]; symbol=AT5G19540; hit=AT5G19540; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G19540 (AT5G19540)
thermosome subunit gamma [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832074]
identity=68.9; qcov=0.891; evalue=1.37e-122; confidence=high
RiceOs08g0387500
-
identity=60.6; qcov=0.874; evalue=2.43e-101; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988302

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057768096.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057768096.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057768096.1

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EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6990728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:6990779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B44
Chr6:6991568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr6:6992324 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 24 A15,A16,A4,B128,B28,B35,B39,B4,B48,B7,B78,B89,B95,B97,C28,C31,C39,C45,C60,C72,C76,C79,D11,D4
Chr6:6992360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr6:6992391 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B130
Chr6:6992391 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B130
Chr6:6992455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr6:6994027 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912113.1
TGGTTGTATGATGAACTTTTGATGATAGCAGTTACGTTACGTGTAAGTGTAAATAGAGATAGGAGCTGAAAACTTCAGGCTCCAAAGATTCATCATCTCTTTCTCTTCTGTGTCTTCTCCCACAACACACACTCAACCTCTCTATCCCCGACCAATTGAGAGATGCTCCATAGCTCTGTGGCGATAACATCCCCAAAATTAACATGCTCTTTCCCATCTACTTCCACCTCCGACTCCCTCCGCCCCTGCAGACGCCTCAG...
XM_057912114.1
CTTTTGATGATAGCAGTTACGTTACGTGTAAGTGTAAATAGAGATAGGAGCTGAAAACTTCAGGCTCCAAAGATTCATCATCTCTTTCTCTTCTGTGTCTTCTCCCACAACACACACTCAACCTCTCTATCCCCGACCAATTGAGAGATGCTCCATAGCTCTGTGGCGATAACATCCCCAAAATTAACATGCTCTTTCCCATCTACTTCCACCTCCGACTCCCTCCGCCCCTGCAGACGCCTCAGGCTCTCCGCCAAGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988302
ATGCTCCATAGCTCTGTGGCGATAACATCCCCAAAATTAACATGCTCTTTCCCATCTACTTCCACCTCCGACTCCCTCCGCCCCTGCAGACGCCTCAGGCTCTCCGCCAAGATCGATGATGGCTCCGCCGATCAGTTTCTGCAGAACAATTCCATCGCCGATTTCATGAGGTTCAAGAAGGATGACCACGCCCAATTGCAGACAGCTGTTCTTAGCTACCGCAAGAAGTTTCCCTGGTCCCTTCTTCAACCTTTTGTCCG...
LOC130988302
ATGCTCCATAGCTCTGTGGCGATAACATCCCCAAAATTAACATGCTCTTTCCCATCTACTTCCACCTCCGACTCCCTCCGCCCCTGCAGACGCCTCAGGCTCTCCGCCAAGATCGATGATGGCTCCGCCGATCAGTTTCTGCAGAACAATTCCATCGCCGATTTCATGAGGTTCAAGAAGGATGACCACGCCCAATTGCAGACAGCTGTTCTTAGCTACCGCAAGAAGTTTCCCTGGTCCCTTCTTCAACCTTTTGTCCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768096.1
MLHSSVAITSPKLTCSFPSTSTSDSLRPCRRLRLSAKIDDGSADQFLQNNSIADFMRFKKDDHAQLQTAVLSYRKKFPWSLLQPFVRVDLVSTIHIADKEYFATLQKELEAYDCVLYEMVASRESLENRRSLEDRKKLNSSNLRGFNIIGCIQRQMAKLLALDFQLDCLDYQAENWYHADLDLETFKLLQLEKGESFFTFARDMTLRSTKAIVQPGPSREDLGPWKSKLLWAARVVPMPLVGLLIIGGVCTDIGNQAEYP...
XP_057768097.1
MLHSSVAITSPKLTCSFPSTSTSDSLRPCRRLRLSAKIDDGSADQFLQNNSIADFMRFKKDDHAQLQTAVLSYRKKFPWSLLQPFVRVDLVSTIHIADKEYFATLQKELEAYDCVLYEMVASRESLENRRSLEDRKKLNSSNLRGFNIIGCIQRQMAKLLALDFQLDCLDYQAENWYHADLDLETFKLLQLEKGESFFTFARDMTLRSTKAIVQPGPSREDLGPWKSKLLWAARVVPMPLVGLLIIGGVCTDIGNQAEYP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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