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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000756

染色体: Chr06 坐标: 7011082-7017800 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000756
名称SmilChr06G000756
描述KRR1 small subunit processome component homolog
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向7011082 - 7017800 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988303
GeneID130988303
locus_tag-
NCBI NameLOC130988303
原始查询SmilChr06G000756

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述KRR1 small subunit processome component homolog
产物KRR1 small subunit processome component homolog
ArabidopsisAT5G08420 (AT5G08420)
RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830741]
identity=72.2; qcov=0.901; evalue=7.73e-165; confidence=high
RiceOs10g0452800
-
identity=73.3; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0032040 (small-subunit processome)
KEGG-
PfamPF17903 (KH_KRR1_1st); PF21800 (KH_KRR1_2nd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988303

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768098.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057768098.1
3 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.40000 XP_057768098.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:7013018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B108,C23,C24,C82
Chr6:7013065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr6:7013067 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 22 A13,A20,A3,B105,B114,B119,B126,B16,B25,B35,B6,B62,B84,B93,C20,C3,C42,C56,C70,C83,D7,D9
Chr6:7013124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:7013992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B5,C59,C71
Chr6:7015196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr6:7015229 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 19 A13,A18,A20,A3,B105,B126,B49,B53,B62,B81,B87,B93,C20,C42,C44,C67,C70,C86,D1
Chr6:7016184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr6:7016366 T TA 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 C23
Chr6:7016366 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 C23
Chr6:7016370 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 14 A1,A20,B114,B126,B16,B35,B53,B72,B84,B93,C70,C83,C86,D7
Chr6:7016377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,C1,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768098.1
384 aa
N
1
192
384
KH_KRR1_1st
KH_KRR1_2nd
C
PF17903 KH_KRR1_1st 60-140 aa PF21800 KH_KRR1_2nd 142-233 aa
XP_057768099.1
384 aa
N
1
192
384
KH_KRR1_1st
KH_KRR1_2nd
C
PF17903 KH_KRR1_1st 60-140 aa PF21800 KH_KRR1_2nd 142-233 aa
XP_057768100.1
384 aa
N
1
192
384
KH_KRR1_1st
KH_KRR1_2nd
C
PF17903 KH_KRR1_1st 60-140 aa PF21800 KH_KRR1_2nd 142-233 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768098.1 Pfam PF17903 KH_KRR1_1st Domain 60 140 3.9e-31 107.8 Krr1 KH1 domain
XP_057768098.1 Pfam PF21800 KH_KRR1_2nd Domain 142 233 4.4e-42 142.7 KRR1 small subunit processome component, second KH domain
XP_057768099.1 Pfam PF17903 KH_KRR1_1st Domain 60 140 3.9e-31 107.8 Krr1 KH1 domain
XP_057768099.1 Pfam PF21800 KH_KRR1_2nd Domain 142 233 4.4e-42 142.7 KRR1 small subunit processome component, second KH domain
XP_057768100.1 Pfam PF17903 KH_KRR1_1st Domain 60 140 3.9e-31 107.8 Krr1 KH1 domain
XP_057768100.1 Pfam PF21800 KH_KRR1_2nd Domain 142 233 4.4e-42 142.7 KRR1 small subunit processome component, second KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912116.1
ACAATTCACAAGCCCAAATATATGTGTAGCACAATTAGCAATTATTCAAACCCTAAGGTCGAACATCCACCGGACCACCCCAATCTCTTTCTCTCGTTCGAGTTTCCGGCGAAGGTCCGGCGAGCCTAACAGCAGCAGTAGTGCAGCACGGAGCCGCCGCCTTTAGCTCTCCTTTTCCCAACCCGGCGCGACAGCAGCAACATCCACCACCACGGTCCACCGACTGCCCTTTTCTCAACTCGGCGCGACTGCTCTCCTTC...
XM_057912115.1
ACAATTCACAAGCCCAAATATATGTGTAGCACAATTAGCAATTATTCAAACCCTAAGGTCGAACATCCACCGGACCACCCCAATCTCTTTCTCTCGTTCGAGTTTCCGGCGAAGGTCCGGCGAGCCTAACAGCAGCAGTAGTGCAGCACGGAGCCGCCGCCTTTAGCTCTCCTTTTCCCAACCCGGCGCGACAGCAGCAACATCCACCACCACGGTCCACCGACTGCCCTTTTCTCAACTCGGCGCGACTGCTCTCCTTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130988303
ATGGCTGATATTGCAGAAGAGAACAACAAAAAAGATGGCAGTGAAGCCGAGGAGAAGCAGCGGACGAGGCATAAGGGGAAGCACGACAAAGATAAACCGTGGGATGACCCCAGCATCGATCACTGGAAAGTCGATAAATTTGATCCATCGTGGAACGAGAGCGGCATGTTAGAAGTTAGCTCATTTTCTACTCTCTTTCCTCAATACAGAGAGAAATATTTGCAAGAGTGCTGGCCAATAGTGAAAGGTGCATTGAAAGA...
LOC130988303
ATGGCTGATATTGCAGAAGAGAACAACAAAAAAGATGGCAGTGAAGCCGAGGAGAAGCAGCGGACGAGGCATAAGGGGAAGCACGACAAAGATAAACCGTGGGATGACCCCAGCATCGATCACTGGAAAGTCGATAAATTTGATCCATCGTGGAACGAGAGCGGCATGTTAGAAGTTAGCTCATTTTCTACTCTCTTTCCTCAATACAGAGAGAAATATTTGCAAGAGTGCTGGCCAATAGTGAAAGGTGCATTGAAAGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057768098.1
MADIAEENNKKDGSEAEEKQRTRHKGKHDKDKPWDDPSIDHWKVDKFDPSWNESGMLEVSSFSTLFPQYREKYLQECWPIVKGALKEHGIACELNLVEGCMTVSTTRKTRDPYIIVKARDLIKLLSRSVPAPQAIKILNDEMQCDIIKIGNLVRKKEQFVKRRQHLVGPNSSTLKALEILTGCYILVQGSTVAAMGSYKGLKQVRKVVEECILNKMHPVYNIKILMMRRELAKDPALANENWDRFLPKFKKKNVKQKKVK...
XP_057768099.1
MADIAEENNKKDGSEAEEKQRTRHKGKHDKDKPWDDPSIDHWKVDKFDPSWNESGMLEVSSFSTLFPQYREKYLQECWPIVKGALKEHGIACELNLVEGCMTVSTTRKTRDPYIIVKARDLIKLLSRSVPAPQAIKILNDEMQCDIIKIGNLVRKKEQFVKRRQHLVGPNSSTLKALEILTGCYILVQGSTVAAMGSYKGLKQVRKVVEECILNKMHPVYNIKILMMRRELAKDPALANENWDRFLPKFKKKNVKQKKVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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