当前解析结果
SmilChr06G000759| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000759 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000759 |
| 描述 | protein argonaute 4B-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 7029086 - 7030529 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990421 |
|---|---|
| GeneID | 130990421 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990421 |
| 原始查询 | SmilChr06G000759 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein argonaute 4B-like |
| 产物 | protein argonaute 4B-like |
| Arabidopsis | AT2G27040 (AGO4)Argonaute family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817246] identity=70.7; qcov=0.984; evalue=7.4e-86; confidence=high |
| Rice | Os01g0275600 (OsAGO4a)- identity=69.6; qcov=0.984; evalue=3.64e-94; confidence=high |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0035194 (regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02171 (Piwi) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990421 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770639.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057770639.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770639.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770639.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770639.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:7029181 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A6,B109,B131,B84,C15 |
Chr6:7029239 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B49,C61,D5 |
Chr6:7029241 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr6:7029250 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr6:7029801 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr6:7029820 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B46 |
Chr6:7029820 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr6:7030045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C56 |
Chr6:7030241 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,C66 |
Chr6:7030292 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B47,C13,C60,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770639.1PF02171
Piwi 12-156 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770639.1 |
Pfam | PF02171 |
Piwi | Domain | 12 | 156 | 6.2e-56 | 190.6 | Piwi domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。