Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000785`

染色体: Chr06 坐标: 7371345-7372763 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000785`
名称	SmilChr06G000785
描述	uncharacterized SmilChr06G000785
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	7371345 - 7372763 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988329`
GeneID	`130988329`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988329`
原始查询	`SmilChr06G000785`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988329

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057768126.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057768126.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768126.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768126.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768126.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:7371520`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	20	A13,A15,A16,B104,B19,B2,B24,B32,B35,B45,B60,B67,B74,B75,B82,B92,B93,C18,C63,C75
`Chr6:7371569`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A14
`Chr6:7371569`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A14
`Chr6:7371603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	118	A11,A13,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A24,A4,A5,A6,A7,A8,B100,B103,B107,B108,B110,B113,B114,B118,B12,B120,B124,B125,B127,B128,B13,B130,B132,B133,B136,B137,B140,B18,B2,B21,B25,B27,B3,B30,B31,B32,B37,B40,B42,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B56,B57,B58,B60,B63,B66,B67,B70,B72,B74,B75,B77,B78,B79,B83,B84,B87,B9,B92,B96,B97,B98,C14,C16,C18,C2,C20,C23,C26,C3,C32,C33,C37,C38,C39,C4,C44,C45,C47,C48,C52,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C68,C69,C7,C73,C74,C75,C76,C78,C8,D10,D2,D8,D9
`Chr6:7371606`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	C1,C58,C64,C66
`Chr6:7371606`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C1,C58,C64,C66
`Chr6:7371633`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	35	A19,A2,A20,A24,B100,B12,B125,B127,B128,B18,B40,B42,B46,B48,B51,B56,B57,B60,B96,C12,C14,C20,C28,C38,C39,C45,C47,C48,C54,C58,C61,C63,C74,C76,D9
`Chr6:7371635`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	63	A14,A16,A19,A21,A6,A8,B10,B100,B105,B108,B113,B117,B122,B126,B129,B18,B2,B20,B27,B30,B4,B45,B49,B51,B52,B60,B61,B63,B64,B66,B72,B73,B75,B79,B80,B81,B83,B84,B87,B91,B97,B99,C10,C14,C20,C28,C29,C3,C38,C40,C48,C5,C59,C60,C69,C70,C71,C78,C8,C81,C84,D6,D9
`Chr6:7371638`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	34	A19,A2,A20,A24,B100,B12,B125,B127,B128,B18,B40,B42,B46,B48,B51,B56,B57,B60,B96,C12,C14,C20,C28,C38,C39,C45,C47,C54,C58,C61,C63,C74,C76,D9
`Chr6:7371882`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A3
`Chr6:7371882`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A3
`Chr6:7371883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B78,C16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912143.1
CCCTATCTTGACCAAATAAGAATTTCTCTTCCCCAAGCAACTCACGAATGAAAATTTCTTTCATCTTCATGGCAGCGAATTAAAATCAATAATTTCTTTCCTTCTCACTTTGTCTTGGAAGGAATCGAGATGACAAATTTTGTTTCCATAAGATTTTCTCTCCTCCCCAAGAAACTAAAGAAAGGAAACATTCCATGTGTGAGTAAATTGCTTCTACTATTTAAAGGGGTCACAAGGCTCTTTCAATGGCACGAATTTCA...

XM_057912144.1
AGAATTTCTCTTCCCCAAGCAACTCACGAATGAAAATTTCTTTCATCTTCATGGCAGCGAATTAAAATCAATAATTTCTTTCCTTCTCACTTTGTCTTGGAAGGAATCGAGATGACAAATTTTGTTTCCATAAGATTTTCTCTCCTCCCCAAGAAACTAAAGAAAGGAAACATTCCATGTGTGAGTAAATTGCTTCTACTATTTAAAGGGGTCACAAGGCTCTTTCAATGGCACGAATTTCAGCAGTGGAGATCGACTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988329
ATGACAAATTTTGTTTCCATAAGATTTTCTCTCCTCCCCAAGAAACTAAAGAAAGGAAACATTCCATGTGTGAGTAAATTGCTTCTACTATTTAAAGGGGTCACAAGGCTCTTTCAATGGCACGAATTTCAGCAGTGGAGATCGACTTCTGCCTTTGTTTCTCTGTCATTGGGTGTGTTTGACCGAAATCTTGGGGATCGTTTGATCAGAGATCGATCGTCATCCTCCATAATAGCTAGAAGCCAAATTCCACACCTTTT...

LOC130988329
ATGACAAATTTTGTTTCCATAAGATTTTCTCTCCTCCCCAAGAAACTAAAGAAAGGAAACATTCCATGTGTGAGTAAATTGCTTCTACTATTTAAAGGGGTCACAAGGCTCTTTCAATGGCACGAATTTCAGCAGTGGAGATCGACTTCTGCCTTTGTTTCTCTGTCATTGGGGGATCGTTTGATCAGAGATCGATCGTCATCCTCCATAATAGCTAGAAGCCAAATTCCACACCTTTTGGATACTACTGATTGGCCTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057768126.1
MTNFVSIRFSLLPKKLKKGNIPCVSKLLLLFKGVTRLFQWHEFQQWRSTSAFVSLSLGVFDRNLGDRLIRDRSSSSIIARSQIPHLLDTTDWPSLRSTFF

XP_057768127.1
MTNFVSIRFSLLPKKLKKGNIPCVSKLLLLFKGVTRLFQWHEFQQWRSTSAFVSLSLGDRLIRDRSSSSIIARSQIPHLLDTTDWPSLRSTFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器