Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000786

染色体: Chr06 坐标: 7381305-7391870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000786
名称SmilChr06G000786
描述protein tesmin/TSO1-like CXC 5
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向7381305 - 7391870 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988332
GeneID130988332
locus_tag-
NCBI NameLOC130988332
原始查询SmilChr06G000786

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein tesmin/TSO1-like CXC 5
产物protein tesmin/TSO1-like CXC 5
ArabidopsisAT4G29000 (AT4G29000)
Tesmin/TSO1-like CXC domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829021]
identity=51.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0761100
-
identity=54.2; qcov=0.78; evalue=5.83e-143; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF03638 (TCR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988332

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768130.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768130.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768130.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768130.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768130.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:7381952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B130,C13,C65,D6
Chr6:7383327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B84
Chr6:7384269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C85
Chr6:7384417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr6:7385754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr6:7386359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:7386478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr6:7390153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:7390235 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 4 B23,C53,C61,D3
Chr6:7390235 A AC 1bp_insertion CDS_variant 4 B23,C53,C61,D3
Chr6:7391453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,C43,C78,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768130.1
598 aa
N
1
299
598
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 124-159 aa PF03638 TCR 210-245 aa
XP_057768131.1
560 aa
N
1
280
560
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 124-159 aa PF03638 TCR 210-245 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768130.1 Pfam PF03638 TCR Domain 124 159 1.7e-24 86.5 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057768130.1 Pfam PF03638 TCR Domain 210 245 1.7e-24 86.5 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057768131.1 Pfam PF03638 TCR Domain 124 159 1.4e-24 86.8 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057768131.1 Pfam PF03638 TCR Domain 210 245 1.4e-24 86.8 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912148.1
TAGAGAGGGAGGAGAGACACTCTCTCTTTCGGAAAATTCCACCATTTTTTCCCGATTTATGCATTCAGCAGATAGGCGTTGATGCATCTCTGTATGTGTAAAGATTGATTATTTTTTCTGATTGAAGCTGAATAACGGCCACGATTCTTGGCTGTATGATTTTATTCTTTTGTTTGAATCTGAGTTCGTGCATAAATTATTCAGAGTTTTGAATTTCGAATTTCGACATTTATGTATTCATTCATCTTCATTTCGATGCT...
XM_057912147.1
AGAGAGGGAGGAGAGACACTCTCTCTTTCGGAAAATTCCACCATTTTTTCCCGATTTATGCATTCAGCAGATAGGCGTTGATGCATCTCTGTATGTGTAAAGATTGATTATTTTTTCTGATTGAAGCTGAATAACGGCCACGATTCTTGGCTGTATGATTTTATTCTTTTGTTTGAATCTGAGTTCGTGCATAAATTATTCAGAGTTTTGAATTTCGAATTTCGACATTTATGTATTCATTCATCTTCATTTCGATGCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988332
ATGGAGCAGAGAGAGGGAGACGAATTCCCTCCAAATAAGCAGCCGCCTCCTCAATCAGAAGCTTCTTCTCCGGCGCCAGCGGATTTTCCGGCGAGGAAGCTTGTGAGGCAGCTGGATTTTACTGGCTTTAGCGCCTCCTCGAGTGTTGAAAGCCCGCAGTTAGCACAGGCGATGCAGCCCGCGTTACAGCAGCCACAGTTGGCGAAGACGAGCCAGCCGCCGCAGATGCTGTTCATGACGATGCAACAAACTCCGCAGCC...
LOC130988332
ATGGAGCAGAGAGAGGGAGACGAATTCCCTCCAAATAAGCAGCCGCCTCCTCAATCAGAAGCTTCTTCTCCGGCGCCAGCGGATTTTCCGGCGAGGAAGCTTGTGAGGCAGCTGGATTTTACTGGCTTTAGCGCCTCCTCGAGTGTTGAAAGCCCGCAGTTAGCACAGGCGATGCAGCCCGCGTTACAGCAGCCACAGTTGGCGAAGACGAGCCAGCCGCCGCAGATGCTGTTCATGACGATGCAACAAACTCCGCAGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768130.1
MEQREGDEFPPNKQPPPQSEASSPAPADFPARKLVRQLDFTGFSASSSVESPQLAQAMQPALQQPQLAKTSQPPQMLFMTMQQTPQPALPPAQHSIRPLLKPESPRMRPRQNVPEVKDGTPKKQKQCNCKHSRCLKLYCECFASGVYCDGCNCVNCHNNVENDAARREAVEATLERNPTAFRPKIASSPHGARDSREEAGEVLITGKHNKGCHCKKSGCLKKYCECFQANILCSENCKCMDCKNYEGSEERQALFHGDHA...
XP_057768131.1
MEQREGDEFPPNKQPPPQSEASSPAPADFPARKLVRQLDFTGFSASSSVESPQLAQAMQPALQQPQLAKTSQPPQMLFMTMQQTPQPALPPAQHSIRPLLKPESPRMRPRQNVPEVKDGTPKKQKQCNCKHSRCLKLYCECFASGVYCDGCNCVNCHNNVENDAARREAVEATLERNPTAFRPKIASSPHGARDSREEAGEVLITGKHNKGCHCKKSGCLKKYCECFQANILCSENCKCMDCKNYEGSEERQALFHGDHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器