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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000814

染色体: Chr06 坐标: 7679903-7683378 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000814
名称SmilChr06G000814
描述uncharacterized SmilChr06G000814
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向7679903 - 7683378 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990432
GeneID130990432
locus_tag-
NCBI NameLOC130990432
原始查询SmilChr06G000814

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057770648.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770648.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057770648.1
4 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.20000 XP_057770648.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770648.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:7679954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B68,C45
Chr6:7679974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr6:7680107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C46,C69,C9
Chr6:7680109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B124,B44,B78
Chr6:7680113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr6:7680124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B40,C58
Chr6:7680139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr6:7680141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B67,B68,C46,C80,D2
Chr6:7680143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B108
Chr6:7680148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C46,C47,C82,D1,D5
Chr6:7680166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C82
Chr6:7680172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914665.1
ATGGCAGTGGGTTTGGCAGGGCGCTGTGCGGGTGGGTTAGTGGATTCATCTTGGGCGACGGAGGAGAAGTTTGAAATTGATGGTGGAGGAAGAAGATCTGAAGATTTAGGTTTGGAGAGGTTGGGCGCCGCTGATGTGCTTGTGCAACCGGTGGGAGCGGGGAAAGCACAGGCGGAGGCGGAGAAGCTGGACGAGGTTCGGCCGGCGGAGGGGTTGCGGGTTGCAGTCGGCGGCGGAGAAGCTGGAGCAGGTTCGGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990432
ATGGCAGTGGGTTTGGCAGGGCGCTGTGCGGGTGGGTTAGTGGATTCATCTTGGGCGACGGAGGAGAAGTTTGAAATTGATGGTGGAGGAAGAAGATCTGAAGATTTAGGTTTGGAGAGGTTGGGCGCCGCTGATGTGCTTGTGCAACCGGTGGGAGCGGGGAAAGCACAGGCGGAGGCGGAGAAGCTGGACGAGGTTCGGCCGGCGGAGGGGTTGCGGGTTGCAGTCGGCGGCGGAGAAGCTGGAGCAGGTTCGGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770648.1
MAVGLAGRCAGGLVDSSWATEEKFEIDGGGRRSEDLGLERLGAADVLVQPVGAGKAQAEAEKLDEVRPAEGLRVAVGGGEAGAGSAGGGVAGGGGEAAGGTAGRGDAGGGVLTGRRAVTGGVAVGGDLGILEEFAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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