当前解析结果
SmilChr06G000818| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000818 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000818 |
| 描述 | protein Ycf2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 7698930 - 7705991 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990433 |
|---|---|
| GeneID | 130990433 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990433 |
| 原始查询 | SmilChr06G000818 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein Ycf2-like |
| 产物 | protein Ycf2-like |
| Arabidopsis | ATCG00860 (ycf2)Ycf2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844715] identity=82.4; qcov=0.713; evalue=0; confidence=high |
| Rice | -- |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00004 (AAA); PF05695 (Ycf2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990433 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057770649.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057770649.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057770649.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770649.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770649.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:7698931 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C75 |
Chr6:7698931 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr6:7698936 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,C65 |
Chr6:7698951 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,D7 |
Chr6:7698957 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,B9 |
Chr6:7698963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,B72,C47 |
Chr6:7698966 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr6:7698984 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B14,C57 |
Chr6:7699005 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B71 |
Chr6:7699011 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B14,C57 |
Chr6:7699012 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B8,C3 |
Chr6:7699020 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B40,B71,C62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770649.1PF05695
Ycf2 48-101 aa
PF00004
AAA 251-421 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770649.1 |
Pfam | PF05695 |
Ycf2 | Family | 48 | 101 | 2.3e-20 | 72.3 | Ycf2 family |
XP_057770649.1 |
Pfam | PF00004 |
AAA | Domain | 251 | 421 | 3.3e-07 | 31.5 | ATPase family associated with various cellular activities (AAA) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。