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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000819

染色体: Chr06 坐标: 7719430-7722625 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000819
名称SmilChr06G000819
描述uncharacterized SmilChr06G000819
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向7719430 - 7722625 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988358
GeneID130988358
locus_tag-
NCBI NameLOC130988358
原始查询SmilChr06G000819

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]; symbol=AT3G29010; hit=AT3G29010; species=arabidopsis; confidence=high
产物Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]; symbol=AT3G29010; hit=AT3G29010; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G29010 (AT3G29010)
Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]
identity=58.1; qcov=0.89; evalue=2.49e-116; confidence=high
RiceOs08g0435800 (OsLPLA)
-
identity=59.9; qcov=0.829; evalue=1.47e-111; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0036211 (protein modification process)
KEGG-
PfamPF21948 (LplA-B_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768166.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057768166.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768166.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768166.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768166.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:7720397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr6:7720408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C21
Chr6:7720451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,C43,C78
Chr6:7720452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr6:7720472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B73,B79,C28,C56
Chr6:7720505 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr6:7720505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:7720529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B41,B44
Chr6:7720565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C43
Chr6:7720575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B57,C43,C83
Chr6:7720577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B37
Chr6:7720579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B140,B36,B81,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768166.1
292 aa
N
1
146
292
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 51-247 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768166.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 51 247 2.5e-28 100.1 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912183.1
TATTTTGAGAGCTATAGGGGTAAATATGTATATTTATAATTATTTTAATTAAATTTTTAAATAAGAGGCTATAAAGAGTAAAATGGGGGCTGTATTTAAAATTACCCGAAATTAAATGATTGAGGCCTAACTGAAAATAATTAAAGGAAACCAGCTGGCCCACTTCTCCTTCTTCCTCAAAAACGGCTGAACACAATAAGCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCATCGTTTCCGGCATCACACTCCAGAAACCCGCCGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988358
ATGACTTTGAATTGCAGAACCAATTTGGCGCCGGCAATCGGCTGTTCCGACCGCAAAAACCTCCGTTTTCTAGTATTCATGGCGGCATCTCAGGCAAGAAACGCTGGGTTGCCGATAATCAATCTTCTCCGCTTGAAAGGAGTGTCCATTTTGCAGCAATTGCATTTGGAAGAGAGGCTGCTGCGGACTTCGTCTGAAAACTGGTGCATCATCAACGACGGAACAACCCGCCCCACCATCGTCATGGGTGTTTCAGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768166.1
MTLNCRTNLAPAIGCSDRKNLRFLVFMAASQARNAGLPIINLLRLKGVSILQQLHLEERLLRTSSENWCIINDGTTRPTIVMGVSGKPKELLETDAVLRDEIPVIRRFTGGGTVIVDQGTIFVSFICNKDVIPGLQSYPRPIMSWSSLIYKNMFQGIGEFGLRENDYVLGNRKFGGNAQSITKNRWVHHTSFLWDYEVGNMGYLKMPTRVPEYRQARNHVEFICRLKEFMSRSNFINGTTDAVAAYFALRSPDADDILNH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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