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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000826`

染色体: Chr06 坐标: 7777832-7780333 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000826`
名称	SmilChr06G000826
描述	probable carotenoid cleavage dioxygenase 4, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	7777832 - 7780333 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990436`
GeneID	`130990436`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990436`
原始查询	`SmilChr06G000826`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable carotenoid cleavage dioxygenase 4, chloroplastic
产物	probable carotenoid cleavage dioxygenase 4%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT4G19170` (NCED4) nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827655] identity=56.5; qcov=0.656; evalue=9.8e-66; confidence=high
Rice	`Os02g0704000` (OsNCED1) - identity=40.4; qcov=0.969; evalue=9.92e-56; confidence=medium
GO	GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0010436 (carotenoid dioxygenase activity); GO:0016121 (carotene catabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF03055 (RPE65)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057770652.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057770652.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770652.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770652.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770652.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:7778044`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B131
`Chr6:7778044`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B131
`Chr6:7778052`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr6:7778063`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B131,D10
`Chr6:7778063`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B131,D10
`Chr6:7778070`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B139,B85,C38
`Chr6:7778071`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	A1,B101,B2,B53,C13,C18,C44,C50,C6,D10,D2,D6
`Chr6:7778108`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A14,B12,C66
`Chr6:7778108`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A14,B12,C66
`Chr6:7778109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,C3
`Chr6:7778112`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B12,C66
`Chr6:7778112`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B12,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770652.1

291 aa

146

291

RPE65

PF03055 RPE65 1-202 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770652.1`	Pfam	`PF03055`	RPE65	Repeat	1	202	4.9e-38	132.1	Retinal pigment epithelial membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914669.1
ACGGCGCCTACCTCCAAAACGGCCCAAACCCCCAGTTCACCCCCCGCGGCCCCTACCACCTCGTCGACGGCGACGGCATGATCCACGCCGTCACAATCGTCGCCGGTCAAGCCACCTTCTGCAGCCGCTTCGTCCAAACCAACAAATACACCACCGAGCGCGATCTCGGCTACCCCGTTTACCCTAACATGTTCGGAGCTTTCACCAGCGAAATCACCGCCTCCTTGTTCCTCACCGCCGCTCGAATTCTCACCGGCCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990436
ATGATCCACGCCGTCACAATCGTCGCCGGTCAAGCCACCTTCTGCAGCCGCTTCGTCCAAACCAACAAATACACCACCGAGCGCGATCTCGGCTACCCCGTTTACCCTAACATGTTCGGAGCTTTCACCAGCGAAATCACCGCCTCCTTGTTCCTCACCGCCGCTCGAATTCTCACCGGCCAGTTCGACCCTTTCGTCAACGGCATCGGCACCGCCAACACCAGCCTCGCCCTAATCGCCGGCAAACTCTTCGCTCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770652.1
MIHAVTIVAGQATFCSRFVQTNKYTTERDLGYPVYPNMFGAFTSEITASLFLTAARILTGQFDPFVNGIGTANTSLALIAGKLFALVETDVPYKIRVTEDGDVATVGRRQFDSAEGFQIMTAHPKSDPDTGETFAFRYFAAPPFLKLFRIDSDGRKHNSVPIFSLKSSSFIHDFAVTKIFAVFPDTQIVIEPLEILRDSPSSSDAAPRMRPMGQKRAKRQAKQKAKMTSTVNEDKWKHLQEAMTKQMSVQEVQLKLQHIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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