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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000844

染色体: Chr06 坐标: 7976485-7978117 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000844
名称SmilChr06G000844
描述probable sugar phosphate/phosphate translocator At4g32390
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向7976485 - 7978117 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988379
GeneID130988379
locus_tag-
NCBI NameLOC130988379
原始查询SmilChr06G000844

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable sugar phosphate/phosphate translocator At4g32390
产物probable sugar phosphate/phosphate translocator At4g32390
ArabidopsisAT4G32390 (AT4G32390)
Nucleotide-sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829374]
identity=83.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0494500
-
identity=74.1; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005768 (endosome); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG-
PfamPF03151 (TPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988379

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057768180.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057768180.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768180.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768180.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768180.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:7976811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B56,B96
Chr6:7976900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr6:7976939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,C61,D3
Chr6:7976987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:7977002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B66,B76
Chr6:7977191 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B140
Chr6:7977257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C58
Chr6:7977665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,A22
Chr6:7977682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr6:7977713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr6:7977716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768180.1
351 aa
N
1
176
351
TPT
C
PF03151 TPT 20-306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768180.1 Pfam PF03151 TPT Family 20 306 7.4e-23 82.1 Triose-phosphate Transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912197.1
GCATAGAGAAGGTCGACCGAAAAGAAATTAGAAAATAGGTTTTGGTAGATCTCTTACACTTGGACACCCAAACAGGTAGCAACGTATGCATACAGATCTGTACCCTATTAATGAATACGACATTGCCTTCAATTTTTTATTTAATTCCCAATTTTCTGAGTCAAATTCGATCCATTCTACCAAAATAAAATACACACACTGCCAAACAAATCAAAACCTCTCTCTCACCCGCATCTCATCTCCTTCTTCTCCACACACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988379
ATGGGGAAGGGCGGCAATCTGAGCGAGGGCGTGCTGAAGAAGATCGTCCTCTCCTACACCTACGTCGCCATCTGGATCTTCCTCTCCTTCATGGTCATCATCTACAACAAGTACATCCTGGATCGGAAGTTGTACAATTGGCCCTACCCCATCTCCCTCACCATGATCCACATGGCCTTCTGCTCCTCCCTCGCCTACCTCATCGTCCGCGTCTTCAAGGCCGTCGAGCCGGTCACCATGTCTTGGGATCTCTACCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768180.1
MGKGGNLSEGVLKKIVLSYTYVAIWIFLSFMVIIYNKYILDRKLYNWPYPISLTMIHMAFCSSLAYLIVRVFKAVEPVTMSWDLYLKSVVPIGLLYSLSLWLSNSAYIFLSVSFIQMLKALMPVAVYTIGVLLKKDAFKSETMANMISISIGVGIAAYGEAKFDSWGVILQLGAVAFEATRLVMIQILLTSKGITLNPITSLYYVAPCCLVFLFFPWIFVEFPILRENSSFHFDYVIFGSNSLCAFALNLAVFLLVGKTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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