当前解析结果
SmilChr06G000854| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000854 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000854 |
| 描述 | protein BIG GRAIN 1-like A |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8084091 - 8085058 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988386 |
|---|---|
| GeneID | 130988386 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988386 |
| 原始查询 | SmilChr06G000854 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein BIG GRAIN 1-like A |
| 产物 | protein BIG GRAIN 1-like A |
| Arabidopsis | AT3G13980 (AT3G13980)SKI/DACH domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820612] identity=35.1; qcov=0.673; evalue=1.55e-12; confidence=low |
| Rice | Os03g0175800 (BG1)- identity=35; qcov=0.582; evalue=5e-10; confidence=low |
| GO | GO:0009734 (auxin-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30505 (Big_grain_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988386 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057768191.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057768191.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057768191.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768191.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768191.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8084464 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B134,C11,C14,C69 |
Chr6:8084482 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr6:8084515 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr6:8084557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A9,B53,C43,C72,C78 |
Chr6:8084624 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,A9,B111,B3,C83 |
Chr6:8084656 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B67,B74,C1,C58 |
Chr6:8085003 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A18,B75 |
Chr6:8085003 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | A18,B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768191.1PF30505
Big_grain_1 128-258 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768191.1 |
Pfam | PF30505 |
Big_grain_1 | Domain | 128 | 258 | 1.4e-16 | 61.8 | BIG GRAIN 1 auxin transport protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。