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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000855

染色体: Chr06 坐标: 8086665-8093981 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000855
名称SmilChr06G000855
描述omega-amidase, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8086665 - 8093981 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988387
GeneID130988387
locus_tag-
NCBI NameLOC130988387
原始查询SmilChr06G000855

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述omega-amidase, chloroplastic-like
产物omega-amidase%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G12040 (AT5G12040)
Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831077]
identity=68.5; qcov=0.921; evalue=5.94e-136; confidence=high
RiceOs03g0175600 (OsCPA2)
-
identity=78.6; qcov=0.678; evalue=1.86e-112; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0006107 (oxaloacetate metabolic process); GO:0006528 (GO:0006528); GO:0006541 (L-glutamine metabolic process); GO:0050152 (omega-amidase activity)
KEGGsmil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00795 (CN_hydrolase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988387

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768192.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057768193.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057768195.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768192.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768192.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8087120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr6:8087616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr6:8089685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B42,B43,C54,C60
Chr6:8091630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr6:8092417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C20,C40
Chr6:8092805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr6:8093247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768192.1
362 aa
N
1
181
362
CN_hydrolase
C
PF00795 CN_hydrolase 82-337 aa
XP_057768193.1
329 aa
N
1
164
329
CN_hydrolase
C
PF00795 CN_hydrolase 82-277 aa
XP_057768194.1
326 aa
N
1
163
326
CN_hydrolase
C
PF00795 CN_hydrolase 82-314 aa
XP_057768195.1
317 aa
N
1
158
317
CN_hydrolase
C
PF00795 CN_hydrolase 82-277 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768192.1 Pfam PF00795 CN_hydrolase Family 82 337 8.3e-64 216.1 Carbon-nitrogen hydrolase
XP_057768193.1 Pfam PF00795 CN_hydrolase Family 82 277 2.1e-49 168.9 Carbon-nitrogen hydrolase
XP_057768194.1 Pfam PF00795 CN_hydrolase Family 82 314 1.3e-58 199.1 Carbon-nitrogen hydrolase
XP_057768195.1 Pfam PF00795 CN_hydrolase Family 82 277 1.9e-49 169.1 Carbon-nitrogen hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912210.1
AACAAAAATAAAAATAAAAATAAAAATAAAACTAAAAATAACGAGGATGTAAAAGCCCTACAAATACAATACAATTTGATATACGCTTCAAGTGGTTCTCAAAATGCTCCCCGCTTCCTCAGCTCAACTTCGAACTCTCCATTCCTCAGTTTCCCGTTCACTCTCTCCCAGAATCCGATCTTACCTCTCTCAAAATCCGATATTGTGCTGCAGAATAGCTTCCTGTGGTTTTGCGCCGACGTCCATCCGTTCAATTTCAT...
XM_057912211.1
AACAAAAATAAAAATAAAAATAAAAATAAAACTAAAAATAACGAGGATGTAAAAGCCCTACAAATACAATACAATTTGATATACGCTTCAAGTGGTTCTCAAAATGCTCCCCGCTTCCTCAGCTCAACTTCGAACTCTCCATTCCTCAGTTTCCCGTTCACTCTCTCCCAGAATCCGATCTTACCTCTCTCAAAATCCGATATTGTGCTGCAGAATAGCTTCCTGTGGTTTTGCGCCGACGTCCATCCGTTCAATTTCAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130988387
ATGCTCCCCGCTTCCTCAGCTCAACTTCGAACTCTCCATTCCTCAGTTTCCCGTTCACTCTCTCCCAGAATCCGATCTTACCTCTCTCAAAATCCGATATTGTGCTGCAGAATAGCTTCCTGTGGTTTTGCGCCGACGTCCATCCGTTCAATTTCATCGGCTACAACCACCGTAATGGCATCCGCAGAGGAAGCTAGAGTTCCACATGCAATTCCGCCGCCAACTCCTCCAGTTACCAAGTTCAAGATTGCACTTTGCCA...
LOC130988387
ATGCTCCCCGCTTCCTCAGCTCAACTTCGAACTCTCCATTCCTCAGTTTCCCGTTCACTCTCTCCCAGAATCCGATCTTACCTCTCTCAAAATCCGATATTGTGCTGCAGAATAGCTTCCTGTGGTTTTGCGCCGACGTCCATCCGTTCAATTTCATCGGCTACAACCACCGTAATGGCATCCGCAGAGGAAGCTAGAGTTCCACATGCAATTCCGCCGCCAACTCCTCCAGTTACCAAGTTCAAGATTGCACTTTGCCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057768192.1
MLPASSAQLRTLHSSVSRSLSPRIRSYLSQNPILCCRIASCGFAPTSIRSISSATTTVMASAEEARVPHAIPPPTPPVTKFKIALCQLAVTTDKEKNIAHARQVIEDAAAKGAQLILLPEIWNSPYSNDSFPVYAEDIDAGGDASPSTAMLSELSRSLKITIVGGSIPERSGDRLYNTCCVFDTDGKLKAKHRKIHLFDIDIPGKMTFKESKTLTAGETPTIVDTGVGRIGIGICYDIRFQELAAIYAARGAHLLCYPGA...
XP_057768193.1
MLPASSAQLRTLHSSVSRSLSPRIRSYLSQNPILCCRIASCGFAPTSIRSISSATTTVMASAEEARVPHAIPPPTPPVTKFKIALCQLAVTTDKEKNIAHARQVIEDAAAKGAQLILLPEIWNSPYSNDSFPVYAEDIDAGGDASPSTAMLSELSRSLKITIVGGSIPERSGDRLYNTCCVFDTDGKLKAKHRKIHLFDIDIPGKMTFKESKTLTAGETPTIVDTGVGRIGIGICYDIRFQELAAIYAARGAHLLCYPGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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