Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000870`

染色体: Chr06 坐标: 8230821-8233405 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000870`
名称	SmilChr06G000870
描述	WD repeat-containing protein VIP3
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8230821 - 8233405 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988404`
GeneID	`130988404`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988404`
原始查询	`SmilChr06G000870`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WD repeat-containing protein VIP3
产物	WD repeat-containing protein VIP3
Arabidopsis	`AT4G29830` (VIP3) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829105] identity=69; qcov=1; evalue=6.96e-162; confidence=high
Rice	`Os11g0660300` - identity=62.4; qcov=1.02; evalue=8.91e-129; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0016593 (Cdc73/Paf1 complex); GO:0051568 (GO:0051568)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40); PF12894 (ANAPC4_WD40); PF23098 (Beta-prop_NOL10_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988404

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768210.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057768210.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768210.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768210.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768210.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8231013`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C44,C59
`Chr6:8231133`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B70
`Chr6:8231133`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B70
`Chr6:8231160`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B21
`Chr6:8231160`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B21
`Chr6:8231162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr6:8231168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B16,C35,C64,C66,C81
`Chr6:8231198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:8231390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr6:8231477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,A19,B18,C46,C75
`Chr6:8231610`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B135,B40,B53,B56,B96,C42,C43,C73,C78
`Chr6:8233040`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768210.1

323 aa

162

323

WD40

Beta-prop_NOL10_N

ANAPC4_WD40

WD40

PF00400 WD40 10-46 aa PF00400 WD40 53-88 aa PF00400 WD40 94-131 aa PF23098 Beta-prop_NOL10_N 103-243 aa PF12894 ANAPC4_WD40 159-203 aa PF00400 WD40 161-186 aa PF00400 WD40 191-231 aa PF00400 WD40 236-273 aa PF00400 WD40 281-320 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	10	46	1.1e-49	165.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	53	88	1.1e-49	165.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	94	131	1.1e-49	165.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	Repeat	103	243	3.8e-12	46.8	Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF12894`	ANAPC4_WD40	Repeat	159	203	9.4e-18	65.0	Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	161	186	1.1e-49	165.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	191	231	1.1e-49	165.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	236	273	1.1e-49	165.4	WD domain, G-beta repeat
`XP_057768210.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	281	320	1.1e-49	165.4	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912227.1
GCACGTTTAAGAGAGAAAGAAAAACAGATTTTATTTGAACCCTGATTTTGCAGAGTACCTATGAAACGAGTATAGTTAGATTTCGCGACTCCCCACTCACCACCGCTGCCACCTGAATTAGGGTTTTTGCGCCCAAAACCATGAAACTAGCGCCATTGAACACCGTGCAGAACGCCCACGACGACTCCATCTGGACGGCGGCGTGGGTGCCGGCCACCGTGGATTCCGGGCCACTGCTGTTGACGGGCTCCCTTGACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988404
ATGAAACTAGCGCCATTGAACACCGTGCAGAACGCCCACGACGACTCCATCTGGACGGCGGCGTGGGTGCCGGCCACCGTGGATTCCGGGCCACTGCTGTTGACGGGCTCCCTTGACGAGACGGTGAGGCTGTGGAACCCCAATGGCCCCGATAAGTTGCAGACTAACACCGGACATTGCCTCGGCGTCGTCTCCGTCGCCGCCCACCCCTCCGGCCGAATAGCCGCGTCCGCCTCCATCGACAGCTTCATTCGAGTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768210.1
MKLAPLNTVQNAHDDSIWTAAWVPATVDSGPLLLTGSLDETVRLWNPNGPDKLQTNTGHCLGVVSVAAHPSGRIAASASIDSFIRVFDVATNNTIATLEAPPSEVWQLQFNPQGTTLAAAGGGSASVKLWDTAEWKLIATLEAPRPEGLKPSERSGSKKFALSVAWSPDGRQIASGAMDGTISVFDVPRAKFMHHLEGHCMPVRSLVYSSAPLDSRVLFSASDDGHVHIYDAERKTLITSLSGHSSWVLSVDVSPDGAAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器