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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000872

染色体: Chr06 坐标: 8241384-8244353 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000872
名称SmilChr06G000872
描述60S ribosomal protein L18a-like protein
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8241384 - 8244353 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988406
GeneID130988406
locus_tag-
NCBI NameLOC130988406
原始查询SmilChr06G000872

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述60S ribosomal protein L18a-like protein
产物60S ribosomal protein L18a-like protein
ArabidopsisAT4G26060 (AT4G26060)
Ribosomal protein L18ae family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828712]
identity=71.4; qcov=0.892; evalue=5.37e-45; confidence=medium
RiceOs01g0183633
-
identity=67.7; qcov=0.637; evalue=2.92e-29; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057768212.1
2 Endosome 内体 0.60000 XP_057768213.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.60000 XP_057768212.1
4 Endosome membrane 内体膜 0.40000 XP_057768212.1
5 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057768212.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8241771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr6:8242079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912229.1
CAAACACCCCAAATGCAGTTACACTTGCACCAAAAAAGAAAGTAAGAAATAAGCGGAGAGAATAAGAGTCAACCCAAGTAGAGTGGTTAGATTATAAATTGTTGAAAGCGTCGTTTGCTTCCTTTGTAAATTAAGTTTCCCCACCTCTCTTACTTTCGTTTTCCATTGAAATTGATTGCCCCCTTTTCCTTCTTCACCCTCAACACTCTCCAAGATCATCACTTTTCCCTCCTCCTAGAGAGGTGCAAGATAAGTTATTT...
XM_057912230.1
AAAAAAGAAAGTAAGAAATAAGCGGAGAGAATAAGAGTCAACCCAAGTAGAGTGGTTAGATTATAAATTGTTGAAAGCGTCGTTTGCTTCCTTTGTAAATTAAGTTTCCCCACCTCTCTTACTTTCGTTTTCCATTGAAATTGATTGCCCCCTTTTCCTTCTTCACCCTCAACACTCTCCAAGATCATCACTTTTCCCTCCTCCTAGAGAGGTGCAAGATAAGTTATTTTGGTGGGGAGGAAGTCGACATCATAAATTGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988406
ATGGATCAGAGGCAAGCAGTGGATGCTGCTGAGCGGGAAAAAGGTAAATATACATTGATTAGAGATGAAGAAGACTCTCAATTCGGATTGTACGACAAACCTCTTCCTTGCTTTGGATGTGGAATAGGATGGTTCTCTTTTCTTGTGGGTTTCTTGTGCCCACTGACATGGTATTATGCTACAATTTTGTATTTTGGGAATTACTACCGCAAGGATCCTAGAGAACGAGCCGGGCTCGCTGCTTCTGCAATCGCTGCTAT...
LOC130988406
ATGGATCAGAATGCTACTATTGAGGAGGGAGAGGGTAGAAATGCCCTTGAACTGGTCAGATCAGTTTCAGAAAAGCATCTTGAACTTTTGAGGCCTTCTGCTCGATATTATTCCATATTTAAAGGGCAAGCAGTGGATGCTGCTGAGCGGGAAAAAGGTAAATATACATTGATTAGAGATGAAGAAGACTCTCAATTCGGATTGTACGACAAACCTCTTCCTTGCTTTGGATGTGGAATAGGATGGTTCTCTTTTCTTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768212.1
MDQNATIEEGEGRNALELVRSVSEKHLELLRPSARYYSIFKGQAVDAAEREKGKYTLIRDEEDSQFGLYDKPLPCFGCGIGWFSFLVGFLCPLTWYYATILYFGNYYRKDPRERAGLAASAIAAMGCSVILLIIVLILLF
XP_057768213.1
MDQRQAVDAAEREKGKYTLIRDEEDSQFGLYDKPLPCFGCGIGWFSFLVGFLCPLTWYYATILYFGNYYRKDPRERAGLAASAIAAMGCSVILLIIVLILLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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