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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000882

染色体: Chr06 坐标: 8378781-8380081 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000882
名称SmilChr06G000882
描述uncharacterized SmilChr06G000882
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8378781 - 8380081 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988417
GeneID130988417
locus_tag-
NCBI NameLOC130988417
原始查询SmilChr06G000882

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988417

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057768222.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057768222.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057768222.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057768222.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768222.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8378865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B111,B6,C84
Chr6:8378872 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 5 A15,B65,C27,C60,C73
Chr6:8378872 TC T 1bp_deletion CDS_variant 5 A15,B65,C27,C60,C73
Chr6:8378924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B100,B75,C27,C79
Chr6:8378938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B100,B75,C27,C79
Chr6:8378955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr6:8379553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C78
Chr6:8379565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B82,C63
Chr6:8379590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr6:8379591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B74,C71
Chr6:8379637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C73
Chr6:8379667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B140,C23,C30,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912239.1
CTTATGCTTATGAACGTTGATTTTTTATTTTTTTTTCGCAGAGAGTGTGTCAAACATATTGGCGTTGCTGTATGTTTGGCACAAGGCTGAATCTCGCTGTTCCCGGTACGTACGACTCCTTTGCCGCTTGGGAAGTCCCTGAGGGTATTTACAAAATGATTAAGGGCGAGTGTGGATCATCAATGGCACAAAGTTGGATGGGGGCTAGCCAGATCATTGTTCCATGTGTTATCAGTGAACATTATGTTATTGTTCGAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988417
ATGTTTGGCACAAGGCTGAATCTCGCTGTTCCCGGTACGTACGACTCCTTTGCCGCTTGGGAAGTCCCTGAGGGTATTTACAAAATGATTAAGGGCGAGTGTGGATCATCAATGGCACAAAGTTGGATGGGGGCTAGCCAGATCATTGTTCCATGTGTTATCAGTGAACATTATGTTATTGTTCGAATCCATCCCGGACTTTGGCAAGCAGATTTGTTCGATCCAAAGTATCATGGTTTGGATGAACAATCCAAACTAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768222.1
MFGTRLNLAVPGTYDSFAAWEVPEGIYKMIKGECGSSMAQSWMGASQIIVPCVISEHYVIVRIHPGLWQADLFDPKYHGLDEQSKLMRADELQPLLTLFSRVLESAGYWATNELALTRKTRPLQIYIPGPEEQFTQKDLYSSGPFACMIVERIISGQPSITWGDTRVNKYRELIAASIFDMGVVDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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