Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000883`

染色体: Chr06 坐标: 8380231-8384141 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000883`
名称	SmilChr06G000883
描述	uncharacterized SmilChr06G000883
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8380231 - 8384141 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988418`
GeneID	`130988418`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988418`
原始查询	`SmilChr06G000883`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
产物	MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=26.8; qcov=0.618; evalue=2.52e-42; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=27.4; qcov=0.571; evalue=1.73e-35; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988418

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768223.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768223.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768223.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768223.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057768223.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8381057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B33,C23,C35,D8
`Chr6:8381069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr6:8381080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr6:8381100`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr6:8381144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B51,B84,C14
`Chr6:8381163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B110,C60
`Chr6:8381167`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B105,B67,C58,C64
`Chr6:8381167`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B105,B67,C58,C64
`Chr6:8381179`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,B29,B44,B97
`Chr6:8381181`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,C27,C3
`Chr6:8381191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	50	A1,A10,A16,A20,B1,B105,B108,B110,B112,B114,B117,B120,B137,B16,B18,B23,B29,B30,B38,B44,B47,B48,B6,B66,B69,B74,B76,B85,B94,B95,B97,B99,C10,C16,C21,C28,C36,C37,C39,C4,C41,C43,C44,C49,C52,C67,C77,D10,D5,D6
`Chr6:8381247`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B56,B7,B96,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768223.1

639 aa

320

639

Transposase_mut

MULE

PF00872 Transposase_mut 446-593 aa PF10551 MULE 447-540 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768223.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	446	593	3.8e-12	46.5	Transposase, Mutator family
`XP_057768223.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	447	540	6.7e-20	72.0	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912240.1
TTATTTCCAACGGTATTCTAAGTACGTCTGGCTCCTTTTAATTTCACTTTCACGTGAATATAAAGTTCTTGCAAGTACACTCATGTCAATATAAAGTGATTCCTTTCCTAGTACATTCACGGGTGAGGGTGAGTAAATTAAACATAAATTAAACACAAAGGCCTCCATATATGTTGAAAGGATGAAGTAAATACCACACAAACATTCAAAACAAGTTGTCTCAAAGGCCTCCATATTTGTTGAGTTATAATTCTTCTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988418
ATGACGGAGTGGAAAAACGTCCTTGTGAGATATGGAGGATATTGGAACGATGTCTTATATTGTGGTGGAGGTGCTACATTTGCTTATGTTCAGACAAATAACATAAGCATTTCGGAGTTAAGGCAAAATATCAATTACTACTTGATGGCAAATTCACTGAGTACCGTCTACAATTTATACTATCTATCGAGATCTCGAAGTGGCAGGATCATCCGATCTCTTTTAAGTACTGATGACCAACTTTCTCGACTTTGTGCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768223.1
MTEWKNVLVRYGGYWNDVLYCGGGATFAYVQTNNISISELRQNINYYLMANSLSTVYNLYYLSRSRSGRIIRSLLSTDDQLSRLCAFEVEPEVYVTHDGGTSQSEQEVYRPSIEIPYASTYEHPPQPTSFEEPISNHMRGFDWFADNNDDEEYVPSTDTDDEEDEDDEEAEERESARVDYGTFAEHIAWIRREGGIGQLMSMIMQTNPQRLEEELGPEQTAEMSNWLVPVVPKDFSVNLFAGKLDNIPDPDELSEGSIFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器