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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000885

染色体: Chr06 坐标: 8396596-8398800 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000885
名称SmilChr06G000885
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8396596 - 8398800 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988420
GeneID130988420
locus_tag-
NCBI NameLOC130988420
原始查询SmilChr06G000885

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
ArabidopsisAT5G23400 (AT5G23400)
Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832405]
identity=53.6; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0677200
-
identity=43.6; qcov=0.827; evalue=1.63e-111; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988420

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057768226.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057768226.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768226.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768226.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768226.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8397000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8397036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr6:8397054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8397055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B68,C45
Chr6:8397128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr6:8397421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr6:8397463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:8397515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:8397561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:8397656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:8397716 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr6:8397796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,C49,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768226.1
568 aa
N
1
284
568
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 32-71 aa PF23598 LRR_14 95-230 aa PF00560 LRR_1 130-150 aa PF00560 LRR_1 154-176 aa PF00560 LRR_1 202-224 aa PF00560 LRR_1 226-248 aa PF13855 LRR_8 249-309 aa PF00560 LRR_1 275-296 aa PF00560 LRR_1 372-388 aa PF13855 LRR_8 418-478 aa PF00560 LRR_1 443-465 aa PF00560 LRR_1 467-489 aa PF00560 LRR_1 491-511 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768226.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 32 71 3.9e-08 34.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057768226.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 95 230 8e-26 91.3 Leucine-rich repeat region
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 130 150 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 154 176 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 202 224 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 226 248 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat
XP_057768226.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 249 309 1.6e-38 131.0 Leucine rich repeat
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 275 296 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 372 388 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat
XP_057768226.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 418 478 1.6e-38 131.0 Leucine rich repeat
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 443 465 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 467 489 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat
XP_057768226.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 491 511 1.9e-39 125.8 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912243.1
AATCGAAATATAGGAAATTAGTGGACCATATTACACTTATGCACAAAACAAGTTGAATGTGTGAAAAATATGACCTCAAAAATTTGTATCAACTAACATTCAAACACCCATTTAGGATCACAATCATCAGAAGTCATTAATACACACGTAAGTTCCATAGTTACCAAATATACACGAGCATCTATGTAAACACATACTGAAAAAGAGCTCCCCTTCTCATGTCTTGAATTCCATGACCATCTCTCACTCAAAATGATGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988420
ATGATGCAGTTTCTGATCAAGATTTTCCTGATCACAGCATTCTTCACAACACCTTCATTCCAAAGGGAAACCCCATCATCACCTATCTGTTCCAAGGCTGACAGAGCTGCCCTTCTTGGCTTCAAGGCCAGCGTTTCCAAGGACACCACCGGCATTCTCTCCACATGGAGAGGTGGTGACTTCTGCAGCGGAGCATGGCAAGGAGTCGAGTGCGTCGCTGGAAGGGTTACCAAGCTGATCATGCAGAGGCCATCATCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768226.1
MMQFLIKIFLITAFFTTPSFQRETPSSPICSKADRAALLGFKASVSKDTTGILSTWRGGDFCSGAWQGVECVAGRVTKLIMQRPSSSEALFMTAKLSHSLSNLQFLEVLIISGMKHIAGTIPHSFANLTHLTHLALEDNSLHGTIPSSLGLLGNLQTMSLSGNLLTGKIPPALGNLRNLLQLNLAKNLLTGPLPTTFNALRNMQFLDLSYNSLSGSIPDFLGGLLNLTYLVLTSNKFSSQIPISLFHLTNLSELSIDQNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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