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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000887

染色体: Chr06 坐标: 8405837-8406915 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000887
名称SmilChr06G000887
描述uncharacterized SmilChr06G000887
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8405837 - 8406915 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990443
GeneID130990443
locus_tag-
NCBI NameLOC130990443
原始查询SmilChr06G000887

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0268600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os09g0268600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs09g0268600
-
identity=28.6; qcov=1.09; evalue=3.7e-29; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990443

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770659.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770659.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770659.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770659.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770659.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8405864 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 28 A25,B110,B115,B12,B125,B129,B13,B135,B140,B22,B23,B34,B38,B39,B45,B55,B67,B91,C28,C39,C44,C45,C48,C76,C80,C85,D3,D6
Chr6:8405895 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 26 B100,B118,B125,B14,B15,B23,B31,B36,B63,B64,B74,B90,B92,B94,C1,C17,C28,C3,C30,C33,C4,C43,C56,C7,C71,C87
Chr6:8405901 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 46 A20,A4,A7,A8,B100,B114,B118,B12,B125,B126,B14,B15,B19,B23,B25,B31,B36,B53,B63,B64,B67,B73,B74,B90,B92,B94,C1,C15,C17,C28,C3,C30,C33,C34,C4,C43,C54,C56,C57,C7,C70,C71,C73,C78,C84,C87
Chr6:8405945 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 23 A20,A4,A7,A8,B114,B118,B12,B126,B19,B25,B53,B63,B67,B73,C15,C33,C34,C54,C57,C70,C73,C78,C84
Chr6:8405974 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B136,C87,D3
Chr6:8405974 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 B136,C87,D3
Chr6:8406030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,C24,C76,D1
Chr6:8406038 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 5 B110,B125,B45,C40,C76
Chr6:8406038 CTT C 2bp_deletion CDS_variant 5 B110,B125,B45,C40,C76
Chr6:8406050 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A20,A4,A8,B114,B118,B12,B126,B19,B25,B53,B63,B67,B73,C15,C33,C34,C54,C57,C70,C78,C84
Chr6:8406101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C2,C77
Chr6:8406107 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 5 B34,B38,B39,B91,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914676.1
ATGGACAAATTGAAGGTAGAGGACATAAGGGCATATGAAAACTTCATTGAGAGAGACCCATCAAGATTTTGTAAGGCATTTATTTCTACTGTTTGTGTGAGTGATATGGTAGACAATAATGTGTCTGAGACCTTCAATGGGTATATCCTTAATGCTAGGGGGAAACATATAATACACATGTTAGAGGAAATAAGAAGTGGCCTTAGGGAGAGGCAATTTAAGAAGCTAGAACATGTACAGAGTGTTAGTGATGTGTTAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990443
ATGGACAAATTGAAGGTAGAGGACATAAGGGCATATGAAAACTTCATTGAGAGAGACCCATCAAGATTTTGTAAGGCATTTATTTCTACTGTTTGTGTGAGTGATATGGTAGACAATAATGTGTCTGAGACCTTCAATGGGTATATCCTTAATGCTAGGGGGAAACATATAATACACATGTTAGAGGAAATAAGAAGTGGCCTTAGGGAGAGGCAATTTAAGAAGCTAGAACATGTACAGAGTGTTAGTGATGTGTTAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770659.1
MDKLKVEDIRAYENFIERDPSRFCKAFISTVCVSDMVDNNVSETFNGYILNARGKHIIHMLEEIRSGLRERQFKKLEHVQSVSDVLTPAMRKTLEKLKSQARFCTAHPGLGGKFEVEKKNDRFVVSLPDKTYPALYVHKYLTTETYLKAYSFSLEPINGERQWLKATGYPVEPPQVRVMPGRPKNKRRRDRDENDPKNPSRLNRAGTVMTCQNCLQVGHNARGCKNETVEKDKAEKRKPGRPRKHPRSEDGVESSSKSRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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