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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000888

染色体: Chr06 坐标: 8409512-8411991 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000888
名称SmilChr06G000888
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08610
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8409512 - 8411991 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988422
GeneID130988422
locus_tag-
NCBI NameLOC130988422
原始查询SmilChr06G000888

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08610
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08610
ArabidopsisAT1G08610 (AT1G08610)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837383]
identity=50.6; qcov=0.905; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0476900
-
identity=39.7; qcov=0.796; evalue=5.16e-119; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988422

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057768235.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057768235.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768235.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768235.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768235.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8410079 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:8410207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr6:8410281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr6:8410684 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B84
Chr6:8410684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:8410850 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B124
Chr6:8410850 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B124
Chr6:8411070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr6:8411135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr6:8411199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr6:8411261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,D10
Chr6:8411336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768235.1
579 aa
N
1
290
579
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR_long
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
C
PF01535 PPR 130-154 aa PF13812 PPR_3 146-202 aa PF12854 PPR_1 192-220 aa PF13041 PPR_2 192-239 aa PF13812 PPR_3 192-239 aa PF01535 PPR 195-225 aa PF13812 PPR_3 217-274 aa PF12854 PPR_1 224-253 aa PF13041 PPR_2 227-276 aa PF01535 PPR 230-253 aa PF13812 PPR_3 258-309 aa PF13041 PPR_2 264-311 aa PF17177 PPR_long 276-351 aa PF13041 PPR_2 297-345 aa PF13812 PPR_3 323-377 aa PF12854 PPR_1 328-348 aa PF13041 PPR_2 332-381 aa PF01535 PPR 335-362 aa PF23276 TPR_24 357-463 aa PF12854 PPR_1 367-396 aa PF13041 PPR_2 367-416 aa PF01535 PPR 370-400 aa PF13812 PPR_3 392-445 aa PF12854 PPR_1 399-429 aa PF13041 PPR_2 402-451 aa PF01535 PPR 405-431 aa PF12854 PPR_1 434-465 aa PF13041 PPR_2 437-486 aa PF01535 PPR 440-469 aa PF12854 PPR_1 469-498 aa PF01535 PPR 475-498 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 130 154 3.8e-61 199.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 146 202 2.6e-39 133.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768235.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 192 220 1.7e-89 293.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 192 239 1.6e-111 365.0 PPR repeat family
XP_057768235.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 192 239 2.6e-39 133.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 195 225 3.8e-61 199.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 217 274 2.6e-39 133.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768235.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 224 253 1.7e-89 293.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 227 276 1.6e-111 365.0 PPR repeat family
XP_057768235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 230 253 3.8e-61 199.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 258 309 2.6e-39 133.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 264 311 1.6e-111 365.0 PPR repeat family
XP_057768235.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 276 351 1.5e-18 67.7 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057768235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 297 345 1.6e-111 365.0 PPR repeat family
XP_057768235.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 323 377 2.6e-39 133.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768235.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 328 348 1.7e-89 293.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 332 381 1.6e-111 365.0 PPR repeat family
XP_057768235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 335 362 3.8e-61 199.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 357 463 9.3e-27 94.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057768235.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 367 396 1.7e-89 293.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 367 416 1.6e-111 365.0 PPR repeat family
XP_057768235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 370 400 3.8e-61 199.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 392 445 2.6e-39 133.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768235.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 399 429 1.7e-89 293.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 402 451 1.6e-111 365.0 PPR repeat family
XP_057768235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 405 431 3.8e-61 199.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 434 465 1.7e-89 293.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 437 486 1.6e-111 365.0 PPR repeat family
XP_057768235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 440 469 3.8e-61 199.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 469 498 1.7e-89 293.9 PPR repeat
XP_057768235.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 475 498 3.8e-61 199.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912252.1
GGATTTAAACAAAAGCCCCACATAAATCCCCAAAATAAGCCCTTCCGCTTTTCAACTCAACCGCGCCGGCCTTCCAAACTCCACTCACATATTTACACACAGTCTGGAGAAAGCAAAATCGACCGAGGAGAGAGATACAGAGAAGGTACTGAGAGAAAATTCAAGGCTGAGGAAAGTCCGGTTCAATTTCGGCTGAGGGGCGGATTTTGCGAGAGCTGCTACTACACGCCGCCGCATGTAGGTTCCTCAATGATAAGGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988422
ATGGCCTACGCAGTTTCACCGCAGAAATCTTTGATTGAGGTTCATAATTCGCATAGGCTGAACTCACTCTCCAACCGAGCAGATATAAATTCGGATGCAAAGGCTGCAGTTCCATCTTCTGTATGCTATCGCAGAACTAAATGTGCTCTGCAGCAGACTGAAACGAATGGTGCGAGATCATCACCTTCTTTGTGGTGCAGAGGGCAACAAGTGGGTGTTCGTCTTGATAGGCGCAGCGAAGGTAGCGAACAAGAGATTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768235.1
MAYAVSPQKSLIEVHNSHRLNSLSNRADINSDAKAAVPSSVCYRRTKCALQQTETNGARSSPSLWCRGQQVGVRLDRRSEGSEQEIKSDGKMGAERKFIGKMHPSKYSYSLKFASDGSFIENEEKTNNEILQSLCSRGKLVEAVKLVDVMTRRNQIPDFQSCINMIRGLVNAKQTDRAYKVLQLVVMTGRIPDIITYNMMIGGLCRKRYLEAAIDLLECMSLSGCPPDTITYNTIIRAMFDQGKCEEAVQFWKDQLIKGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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