Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000898`

染色体: Chr06 坐标: 8482972-8488027 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000898`
名称	SmilChr06G000898
描述	lycopene epsilon cyclase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8482972 - 8488027 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988432`
GeneID	`130988432`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988432`
原始查询	`SmilChr06G000898`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lycopene epsilon cyclase, chloroplastic
产物	lycopene epsilon cyclase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G57030` (LUT2) Lycopene beta/epsilon cyclase protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835806] identity=75.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0581300` (OsLCYe) - identity=73.7; qcov=0.884; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016117 (carotenoid biosynthetic process); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen)
KEGG	smil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05834 (Lycopene_cycl)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057768247.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057768247.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057768247.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768247.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768247.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8483365`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B111,B112,B128,B36,B37,B5,C38,C7,C70,C75
`Chr6:8483411`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,D6
`Chr6:8483433`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,D6
`Chr6:8483470`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,A16,B50,B60,B91
`Chr6:8483579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr6:8485595`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr6:8485951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B31,B72,C8,D1
`Chr6:8486671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C12,D10
`Chr6:8486814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr6:8486823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,D2
`Chr6:8487439`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768247.1

534 aa

267

534

Lycopene_cycl

PF05834 Lycopene_cycl 115-511 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768247.1`	Pfam	`PF05834`	Lycopene_cycl	Family	115	511	5.5e-153	510.3	Lycopene cyclase protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912264.1
GATCAATTCAGTTTTTAACACTCTCGAGTACTCAAAGTGATCAATTCAGTGTTTATGTGAGCCAATGACATCCATCCACGTGGCACATGAGGGAATGGCCGTTGAACATCTCACCATAACTTCCCTCTCCCCCTATCCGTAAAGCGCTTCCCAAACGCATCAAAAAGCTTCAACACCCATCGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAGTTCCTCAAGTTCCCTCACTGCATTTCCCGCTCCCCAACGCCCACGCAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988432
ATGGAGAGTTTAGCAGCGAGAAATTTGGCGGCAATGGCTATCTCAGTTTACCCGACGAGGAGGTGTTGGAGGAAGAAGAGGCTCCCAAACGAGATAGGCTTTTCTGCAAATGCTCACGGCCATGAATCAACGTCGTTCCGTGTGCGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCGGCAGCGACAGCTGTGTGGCGCTGCCGGTGAGAGAGGATTTCGCGGACGAGGAGGACTACGTGAAGGCTGGAGGGTCGGAGCTGTTGTTCGTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768247.1
MESLAARNLAAMAISVYPTRRCWRKKRLPNEIGFSANAHGHESTSFRVRSGGGSGGSDSCVALPVREDFADEEDYVKAGGSELLFVQMQQNKRMDHQSKLADKLPRILTGDNVLDLVVIGCGPAGLALAAESAKLGLNVGLIGPDLPFTNNYGVWEDEFKDLGLECCIEHVWRDTIVYLDDNPIYIGRAYGRVSRHLLHEELLKRCVESGVSYLNTKVERIIEASGGHRLVECEGNIVIPCRLATVASGAASGKLLEYEV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器