当前解析结果
SmilChr06G000899| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000899 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000899 |
| 描述 | peroxisomal membrane protein 11-4 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8488616 - 8489611 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988433 |
|---|---|
| GeneID | 130988433 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988433 |
| 原始查询 | SmilChr06G000899 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peroxisomal membrane protein 11-4 |
| 产物 | peroxisomal membrane protein 11-4 |
| Arabidopsis | AT3G47430 (PEX11B)peroxin 11B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823897] identity=69.2; qcov=0.991; evalue=9.42e-106; confidence=high |
| Rice | Os04g0534600 (PEX11-4)- identity=75.11; qcov=0.991; evalue=1.13e-118; confidence=high |
| GO | GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0016559 (peroxisome fission); GO:0044375 (regulation of peroxisome size) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05648 (PEX11) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988433 |
特征证据限制:抽查两个保留的历史缓存共 206 行,PROFEAT 特征全部为零;第二块缓存为 106 行,比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实,不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测,也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选,特征完整性与预测可靠性尚未建立。
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 1.00000 | XP_057768248.1 |
| 2 | Peroxisome membrane | 过氧化物酶体膜 | 1.00000 | XP_057768248.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057768248.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057768248.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8488888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:8489040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A25,B110,B121,B60 |
Chr6:8489295 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B70,B71,B82,C24,C62 |
Chr6:8489502 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C87,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768248.1PF05648
PEX11 5-215 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768248.1 |
Pfam | PF05648 |
PEX11 | Family | 5 | 215 | 4.8e-57 | 193.7 | Peroxisomal biogenesis factor 11 (PEX11) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。