当前解析结果
SmilChr06G000900| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000900 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000900 |
| 描述 | probable protein S-acyltransferase 17 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8491170 - 8495569 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988435 |
|---|---|
| GeneID | 130988435 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988435 |
| 原始查询 | SmilChr06G000900 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable protein S-acyltransferase 17 |
| 产物 | probable protein S-acyltransferase 17 |
| Arabidopsis | AT3G04970 (AT3G04970)DHHC-type zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819657] identity=66.8; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0363900 (DHHC9)- identity=62.7; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006612 (protein targeting to membrane); GO:0018230 (peptidyl-L-cysteine S-palmitoylation); GO:0019706 (protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01529 (DHHC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988435 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057768251.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057768251.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057768251.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768251.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768251.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8491623 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:8492738 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B107 |
Chr6:8492758 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C16,C52 |
Chr6:8493455 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B53,C43,C78 |
Chr6:8493613 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:8493721 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B107,C16,C52 |
Chr6:8493732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B70,B71,C24,C62 |
Chr6:8495066 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B135,B56,B96,C73 |
Chr6:8495301 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768251.1PF01529
DHHC 158-306 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768251.1 |
Pfam | PF01529 |
DHHC | Family | 158 | 306 | 9.1e-37 | 126.8 | DHHC palmitoyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。