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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000905

染色体: Chr06 坐标: 8537803-8539734 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000905
名称SmilChr06G000905
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g11330
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向8537803 - 8539734 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988439
GeneID130988439
locus_tag-
NCBI NameLOC130988439
原始查询SmilChr06G000905

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g11330
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g11330
ArabidopsisAT1G11330 (AT1G11330)
S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837675]
identity=47.9; qcov=0.971; evalue=1.01e-73; confidence=high
RiceOs07g0551300 (OSJNBb0041B22.109)
-
identity=43; qcov=1.01; evalue=3.82e-62; confidence=medium
GOGO:0004713 (protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08276 (PAN_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057768260.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768260.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768260.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768260.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768260.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:8538608 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A19,A24,B130,B40,B77,C13,C16,C65,C77
Chr6:8538609 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 171 A11,A13,A16,A18,A19,A2,A21,A22,A24,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B102,B103,B104,B105,B106,B108,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B12,B120,B124,B125,B127,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B17,B18,B19,B2,B20,B22,B25,B26,B27,B3,B32,B33,B34,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B63,B65,B66,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B90,B91,B92,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C20,C21,C22,C23,C25,C27,C28,C29,C30,C32,C33,C35,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C46,C47,C48,C49,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C61,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D5,D6,D7,D8
Chr6:8538610 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 171 A11,A13,A16,A18,A19,A2,A21,A22,A24,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B102,B103,B104,B105,B106,B108,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B12,B120,B124,B125,B127,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B17,B18,B19,B2,B20,B22,B25,B26,B27,B3,B32,B33,B34,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B63,B65,B66,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B90,B91,B92,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C20,C21,C22,C23,C25,C27,C28,C29,C30,C32,C33,C35,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C46,C47,C48,C49,C52,C53,C54,C55,C56,C58,C61,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D5,D6,D7,D8
Chr6:8538885 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B78
Chr6:8538885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:8538902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:8538974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr6:8539124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B80,C6,C67
Chr6:8539130 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B78
Chr6:8539138 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 13 A23,A5,A9,B1,B113,B115,B121,B30,B38,B45,C35,C43,C5
Chr6:8539180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B93,C2,C32,C68
Chr6:8539417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768260.1
273 aa
N
1
136
273
PAN_2
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08276 PAN_2 3-52 aa PF00069 Pkinase 154-239 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 157-242 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768260.1 Pfam PF08276 PAN_2 Domain 3 52 1.2e-13 51.6 PAN-like domain
XP_057768260.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 154 239 5.5e-14 52.9 Protein kinase domain
XP_057768260.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 157 242 1e-16 61.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912277.1
AGGATGCGCTTTATGAAGGTGCCGGATTTTGCAGAGCCGTGGCCTGCTGTGGAGGAGGATGAGTGCAAGAGGAGATGCTTGGGGAATTGTTCGTGTCTGGCTTATGCTTACGATTCAAACATTGGTTGTATGTTCTGGGCTGATGCTCTCATCGATGTTCAGAAATTCAGCGGTGTTGGCGTCGATCTTTTTATTCGTCTCTCTGCTTCAGACTTGGACGACCACAGGGATAAGAAGCTGTACATCATAATTCCAGTAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988439
ATGCGCTTTATGAAGGTGCCGGATTTTGCAGAGCCGTGGCCTGCTGTGGAGGAGGATGAGTGCAAGAGGAGATGCTTGGGGAATTGTTCGTGTCTGGCTTATGCTTACGATTCAAACATTGGTTGTATGTTCTGGGCTGATGCTCTCATCGATGTTCAGAAATTCAGCGGTGTTGGCGTCGATCTTTTTATTCGTCTCTCTGCTTCAGACTTGGACGACCACAGGGATAAGAAGCTGTACATCATAATTCCAGTAGTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768260.1
MRFMKVPDFAEPWPAVEEDECKRRCLGNCSCLAYAYDSNIGCMFWADALIDVQKFSGVGVDLFIRLSASDLDDHRDKKLYIIIPVVSAFVCISVFIFVAWCWMVKNRKGGEANPRNVSWSSSTPIVFNDETEKVNTGDLPLFTFEMLATATDQFHESNLLGRGGFGPVYKGVLADGKTIAVKRLSADSGQGLQEFMNEVTVMSKLQHRNLVRLLGGCVEKQDKILIYEYMPNRSLDFCLFDGRHHPGQKALDWKKRFSIM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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