当前解析结果
SmilChr06G000912| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000912 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000912 |
| 描述 | pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8633747 - 8634559 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990448 |
|---|---|
| GeneID | 130990448 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990448 |
| 原始查询 | SmilChr06G000912 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like |
| 产物 | pheromone-processing carboxypeptidase KEX1-like |
| Arabidopsis | AT5G33406 (AT5G33406)hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333] identity=65.8; qcov=0.779; evalue=1.86e-67; confidence=high |
| Rice | Os09g0499600- identity=38.1; qcov=0.605; evalue=1.28e-21; confidence=medium |
| GO | GO:0046983 (protein dimerization activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05699 (Dimer_Tnp_hAT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990448 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770665.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770665.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770665.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770665.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057770665.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8633940 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B7,C69 |
Chr6:8633955 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,C15,C20 |
Chr6:8633970 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,C51,C59 |
Chr6:8633972 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B140,B78,C17,C61 |
Chr6:8633972 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B140,B78,C17,C61 |
Chr6:8633981 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B118,B129,C37 |
Chr6:8633998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B93,C2,D7 |
Chr6:8634007 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B78,C17,C61 |
Chr6:8634010 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B28,C10,C41,C79 |
Chr6:8634010 |
T |
TGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B28,C10,C41,C79 |
Chr6:8634028 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B74,B77,C74 |
Chr6:8634114 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A18 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770665.1PF05699
Dimer_Tnp_hAT 2-66 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770665.1 |
Pfam | PF05699 |
Dimer_Tnp_hAT | Domain | 2 | 66 | 5.6e-12 | 46.0 | hAT family C-terminal dimerisation region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。