Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000913`

染色体: Chr06 坐标: 8634629-8635438 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000913`
名称	SmilChr06G000913
描述	uncharacterized SmilChr06G000913
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8634629 - 8635438 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990449`
GeneID	`130990449`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990449`
原始查询	`SmilChr06G000913`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333]; symbol=AT5G33406; hit=AT5G33406; species=arabidopsis; confidence=high
产物	hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333]; symbol=AT5G33406; hit=AT5G33406; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G33406` (AT5G33406) hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333] identity=64.3; qcov=0.803; evalue=6.2e-97; confidence=high
Rice	`Os09g0499600` - identity=42.4; qcov=0.974; evalue=2.03e-62; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04937 (DUF659)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990449

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057770666.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057770666.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770666.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770666.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770666.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8634738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr6:8634814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C28
`Chr6:8634833`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B114,B140,C14,C75
`Chr6:8634834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr6:8634835`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C65
`Chr6:8634866`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B135,B83,C28
`Chr6:8634884`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B15
`Chr6:8634884`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr6:8634904`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr6:8634909`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr6:8634925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C55
`Chr6:8634932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770666.1

269 aa

134

269

DUF659

PF04937 DUF659 1-37 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770666.1`	Pfam	`PF04937`	DUF659	Domain	1	37	1.6e-11	44.7	Domain of unknown function (DUF659)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914683.1
ATGGCCAAAAGACCACATCTTTATTGGACTCCATGTGCCGCACATTGTGTGGACTTGATGTTGGAGGATATTGGAAAGCTTCCAAAGATCAAGAATGCCCTTAAGAAGGCGATCTTCATGAATGGTTATATATATAACCATGTCGGCGTTGTGAACATGATGAGGAGATTCACCAATCAAAGGAATTTGCATCGACCGGCGGTCACAAGGTTTGCAACTTCCTTCATCACTCTTGCACAATATCACAAGCAAAAAAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990449
ATGGCCAAAAGACCACATCTTTATTGGACTCCATGTGCCGCACATTGTGTGGACTTGATGTTGGAGGATATTGGAAAGCTTCCAAAGATCAAGAATGCCCTTAAGAAGGCGATCTTCATGAATGGTTATATATATAACCATGTCGGCGTTGTGAACATGATGAGGAGATTCACCAATCAAAGGAATTTGCATCGACCGGCGGTCACAAGGTTTGCAACTTCCTTCATCACTCTTGCACAATATCACAAGCAAAAAAATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770666.1
MAKRPHLYWTPCAAHCVDLMLEDIGKLPKIKNALKKAIFMNGYIYNHVGVVNMMRRFTNQRNLHRPAVTRFATSFITLAQYHKQKNNLRKMVISEEWIASKWQKDAGGKKMTSFILQDTFWRNVLYALKLVGPLVKVLRMVDGDKKPAMGYIYEAMDRAKEAIAKSFGHKEEHYKEAFGIIDKRWDCQLHRPLHAAGYFLNPEIYYDNPEGVSCQEIEHGLYESIQRLVRDNSTQDKIMVELDAYKNATGLFGNALAIRH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器