Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000924`

染色体: Chr06 坐标: 8775501-8781510 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000924`
名称	SmilChr06G000924
描述	uncharacterized SmilChr06G000924
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8775501 - 8781510 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988458`
GeneID	`130988458`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988458`
原始查询	`SmilChr06G000924`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	fanconi anemia group E protein FANCE protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829077]; symbol=AT4G29560; hit=AT4G29560; species=arabidopsis; confidence=high
产物	fanconi anemia group E protein FANCE protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829077]; symbol=AT4G29560; hit=AT4G29560; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G29560` (AT4G29560) fanconi anemia group E protein FANCE protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829077] identity=47.1; qcov=1.02; evalue=1.04e-154; confidence=high
Rice	`Os06g0573800` - identity=35.2; qcov=1; evalue=4.34e-89; confidence=medium
GO	GO:0036297 (interstrand cross-link repair); GO:0043240 (Fanconi anaemia nuclear complex)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988458

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768296.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057768296.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057768296.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768296.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768296.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8775776`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C49,D10
`Chr6:8776164`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr6:8776207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C87,D2
`Chr6:8776507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr6:8776511`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B69
`Chr6:8776718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,C83
`Chr6:8776801`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C77,D4
`Chr6:8776892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:8776933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr6:8777197`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA

XR_009090109.1
AAATACTTCAATTTTTAAACTTGTTTTTCCCCCACGCACGCACGATTACCTCCGGAAATCCCCCAAATCAAAACCCTAATTTCATCTCATCCCAGTTGCGCTTCTGTGGACTGTGGGAATCAATTAAAAACCAGTAACAATGGAATCCTGGATTCCACTGTTGCAAGTTTTTTTAAATTCGACATGCCCTGAGACCGAAGCTTCAAAATGGTTGCAAGAGATGTTCAACCCTCCTGTGTCCAACTCCCCACCCATTTCTA...

XR_009090110.1
AAATACTTCAATTTTTAAACTTGTTTTTCCCCCACGCACGCACGATTACCTCCGGAAATCCCCCAAATCAAAACCCTAATTTCATCTCATCCCAGTTGCGCTTCTGTGGACTGTGGGAATCAATTAAAAACCAGTAACAATGGAATCCTGGATTCCACTGTTGCAAGTTTTTTTAAATTCGACATGCCCTGAGACCGAAGCTTCAAAATGGTTGCAAGAGATGTTCAACCCTCCTGTGTCCAACTCCCCACCCATTTCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988458
ATGGAATCCTGGATTCCACTGTTGCAAGTTTTTTTAAATTCGACATGCCCTGAGACCGAAGCTTCAAAATGGTTGCAAGAGATGTTCAACCCTCCTGTGTCCAACTCCCCACCCATTTCTACCACATCTTTCCTTACACTGCTTATGAGACCTTCAGACACCGCTTCTGTTCAACATTCTTCTCCACAAGAAAAAAGGGTTATGTGGATTCAGACGCTGCCTAGTGTAGTTCAGGCCCGAATTTTATCGTTTCTTGCATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768296.1
MESWIPLLQVFLNSTCPETEASKWLQEMFNPPVSNSPPISTTSFLTLLMRPSDTASVQHSSPQEKRVMWIQTLPSVVQARILSFLAYEHQRFCTRELCRLARVLLSEGKGVDFWVKKTAQQLLDLVSVSNYQWLSHLNLDSEEDTAEDEFYMMPDWVRDAAKDNESVFPWLPMSADELSDKMPLTSNGGDGDVLLIDAEESKQENIDEEMVEIGEDDVNIDGPVDVEAEKLAKSLKTELLHIDSSLKAVELAKKIRKLCC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器