当前解析结果
SmilChr06G000930| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000930 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000930 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000930 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 8828162 - 8829918 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990452 |
|---|---|
| GeneID | 130990452 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990452 |
| 原始查询 | SmilChr06G000930 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsGRF11; symbol=OsGRF11; hit=Os07g0467500; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | OsGRF11; symbol=OsGRF11; hit=Os07g0467500; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT5G53660 (GRF7)growth-regulating factor 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835447] identity=56.6; qcov=0.169; evalue=9.99e-12; confidence=weak |
| Rice | Os07g0467500 (OsGRF11)- identity=62.3; qcov=0.169; evalue=8.59e-13; confidence=weak |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0032502 (developmental process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08879 (WRC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990452 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770668.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770668.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770668.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057770668.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057770668.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:8828261 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr6:8828290 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr6:8828873 |
C |
CCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | C72,C74,D1 |
Chr6:8828873 |
C |
CCG |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | C72,C74,D1 |
Chr6:8828975 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:8829154 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr6:8829438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr6:8829455 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,B23,D3 |
Chr6:8829493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B36,B82,C31 |
Chr6:8829541 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B23,B58,B68,C18,C37,C5,C62,C80 |
Chr6:8829588 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr6:8829589 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 18 | A2,B124,B135,B2,B27,B38,B39,B42,B43,B51,B65,B98,C1,C49,C53,C54,C55,C8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770668.1PF08879
WRC 203-236 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770668.1 |
Pfam | PF08879 |
WRC | Domain | 203 | 236 | 2.2e-15 | 56.8 | WRC |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。