Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000931`

染色体: Chr06 坐标: 8830083-8832505 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000931`
名称	SmilChr06G000931
描述	serine/threonine-protein kinase Aurora-3-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	8830083 - 8832505 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988464`
GeneID	`130988464`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988464`
原始查询	`SmilChr06G000931`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase Aurora-3-like
产物	serine/threonine-protein kinase Aurora-3-like
Arabidopsis	`AT2G45490` (AUR3) ataurora3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819157] identity=79.6; qcov=0.951; evalue=2.4e-170; confidence=high
Rice	`Os03g0765000` - identity=61; qcov=1.04; evalue=2.93e-134; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005876 (spindle microtubule); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007052 (mitotic spindle organization); GO:0031616 (spindle pole centrosome); GO:0032133 (chromosome passenger complex); GO:0032465 (regulation of cytokinesis); GO:0051233 (spindle midzone)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14531 (Kinase-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768306.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057768306.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057768306.1`
4	Midbody	Midbody	0.80000	`XP_057768306.1`
5	Spindle	Spindle	0.40000	`XP_057768306.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:8830714`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr6:8831468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr6:8831496`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:8832033`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:8832035`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr6:8832059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B18,C46
`Chr6:8832069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	A6,B11,B114,B125,B38,B48,B63,B97,C28,C86
`Chr6:8832115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768306.1

288 aa

144

288

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

Kinase-like

PF00069 Pkinase 26-276 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 27-272 aa PF14531 Kinase-like 115-221 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768306.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	26	276	1.4e-74	251.5	Protein kinase domain
`XP_057768306.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	27	272	6.2e-41	141.1	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057768306.1`	Pfam	`PF14531`	Kinase-like	Family	115	221	2.1e-06	27.9	Kinase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912323.1
TTATATAAATACATTCAACCAAAATAAGCTTACTTGGATTCCACAAACACTCAAAACAATTTATCCATTAAAGCACAAGCATTTCTCCTTCTGCTTCGACACACCTGTCATCTACATCAAAAAAACGTACAGACAGTAATCCCTCCTCTTTCTCACTCTCTAATTGCTGGCAGCATATCGGATTCGTAATTTTTTTTTACTAGGTATTAACACTATTGGGCCAATATTATGGGGCCCCAAAAATTGGAGGCCAGGGCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988464
ATGGCCGACCAGCCGCTCAAACCCCCAAAACGACCCCGACCGACCTCCGAAAGGAAATGGTCTCTCTCCGATTTCGACGTCGGCAAACCCCTCGGCAAAGGTAAATTCGGCAGGGTGTATGTCGCTCGCGAAATCAAGAGCAAGTACATCGTGGCGTTAAAAGTGATATTCAAGGAGCAAATTCAGAAGTATAACTTGCAGCACCAGTTACGGAGGGAGATGGAGATCCAAACCGCCCTGCGCCACCCCAATGTGCTGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768306.1
MADQPLKPPKRPRPTSERKWSLSDFDVGKPLGKGKFGRVYVAREIKSKYIVALKVIFKEQIQKYNLQHQLRREMEIQTALRHPNVLRLHGWFHDDERIFLILGYAHGGELYRELRKLGHLSETQAATYIVSLTNALAYCHEKHVIHRDIKPENLLLDHEGRLKIADFGWSVQSRSKRHTMCGTLDYLAPEMVENKAHDYSVDNWTLGVLCYEFLYGVPPFEAESQRDTFKRILKVDLTFPSTPEVSEEAKDLISKLLVKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器