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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000947

染色体: Chr06 坐标: 9074747-9077354 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000947
名称SmilChr06G000947
描述F-box/LRR-repeat protein At4g29420-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向9074747 - 9077354 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988481
GeneID130988481
locus_tag-
NCBI NameLOC130988481
原始查询SmilChr06G000947

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/LRR-repeat protein At4g29420-like
产物F-box/LRR-repeat protein At4g29420-like
ArabidopsisAT4G29420 (AT4G29420)
F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829063]
identity=48; qcov=1.01; evalue=1.05e-143; confidence=high
RiceOs01g0193500
-
identity=35.6; qcov=1.03; evalue=6.26e-68; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988481

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768328.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768328.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768328.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768328.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768328.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:9074887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr6:9074938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr6:9074981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B57,C23,C24
Chr6:9076003 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B64
Chr6:9076003 TCC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912345.1
GTGGACACAGAGACTATAAATTGGCATCAAATTCAACGCTCTGTTTGGAAGTCTATCTAACACTTTGATTTCGACGTTGTATTAACCCTAATCCCCTAATTTGATCTCATCCAATTTTCTTCAATTTCCATGGAAGATCTCCCCGCGCCTCTTCTCCTCGAGATCCTCGGCCGTCTCTCCGACTCCGCCGACGTCGCCCGCTGCCGCGTCGCTTCCCGCGCACTCAACTCCGTCGCGCGGGAGATTCGGTCCGTCCACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988481
ATGGAAGATCTCCCCGCGCCTCTTCTCCTCGAGATCCTCGGCCGTCTCTCCGACTCCGCCGACGTCGCCCGCTGCCGCGTCGCTTCCCGCGCACTCAACTCCGTCGCGCGGGAGATTCGGTCCGTCCACCTCTACTGCTCCCACCTCCGCTACGCCAAGTCTCGATCCCCTCTCACCCGGTCCTCCATCACGCCTTTTAAGCAAGTTTTCTGCAGATTGATCTCCGAGTTGCACGTTGTAGAGCGCGTCTTCATCGGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768328.1
MEDLPAPLLLEILGRLSDSADVARCRVASRALNSVAREIRSVHLYCSHLRYAKSRSPLTRSSITPFKQVFCRLISELHVVERVFIGVEKPLLLVAFDDVEDEDDDLFLSDVSFTKEWLPKVCRNLKSISISDFWVQSCWRRTDVLSLISSYCCELHELEVKNAWLSVDGLTPMPNLTVLTLEFIRLDDENLEKVNDSFPLLKDLNLIGVGGLKDPKVHLMHLRTCHWSVSNAPTSISIIAPSLVDLTLKCVKPNLLFIEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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