当前解析结果
SmilChr06G000952| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000952 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000952 |
| 描述 | vacuolar protein sorting-associated protein 32 homolog 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 9169814 - 9173371 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988498 |
|---|---|
| GeneID | 130988498 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988498 |
| 原始查询 | SmilChr06G000952 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | vacuolar protein sorting-associated protein 32 homolog 2-like |
| 产物 | vacuolar protein sorting-associated protein 32 homolog 2-like |
| Arabidopsis | AT4G29160 (SNF7.1)SNF7 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829037] identity=81.4; qcov=1; evalue=2.49e-105; confidence=high |
| Rice | Os06g0608500 (OsSNF7)- identity=70.5; qcov=1; evalue=4.61e-94; confidence=high |
| GO | GO:0000815 (ESCRT III complex); GO:0005771 (multivesicular body); GO:0006900 (vesicle budding from membrane); GO:0009898 (cytoplasmic side of plasma membrane); GO:0032511 (late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway) |
| KEGG | smil03250 (Viral life cycle - HIV-1 - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03272 (Virion - Hepatitis viruses - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03357 (Snf7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988498 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057768356.1 |
| 2 | Endosome | 内体 | 1.00000 | XP_057768356.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057768356.1 |
| 4 | Vesicle | 囊泡 | 0.80000 | XP_057768356.1 |
| 5 | Midbody | Midbody | 0.80000 | XP_057768356.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:9171309 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr6:9171324 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr6:9172185 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr6:9172956 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768356.1PF03357
Snf7 21-184 aa
XP_057768357.1PF03357
Snf7 21-184 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768356.1 |
Pfam | PF03357 |
Snf7 | Family | 21 | 184 | 4.5e-44 | 150.8 | Snf7 |
XP_057768357.1 |
Pfam | PF03357 |
Snf7 | Family | 21 | 184 | 4.5e-44 | 150.8 | Snf7 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。