当前解析结果
SmilChr06G000975| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000975 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000975 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000975 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 9480343 - 9483432 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990462 |
|---|---|
| GeneID | 130990462 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990462 |
| 原始查询 | SmilChr06G000975 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=26.2; qcov=0.145; evalue=1.08e-09; confidence=weak |
| Rice | Os08g0202300- identity=31.4; qcov=0.368; evalue=4.61e-59; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990462 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057770678.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057770678.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057770678.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770678.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770678.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:9480378 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 11 | B105,B113,B132,B133,B31,B8,C12,C3,C39,C7,C77 |
Chr6:9480443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B26,C40,C9 |
Chr6:9480488 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B119,B22,B41,B48,B7,B81,C15,C46,C80 |
Chr6:9480567 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B132,B82,C77,D4 |
Chr6:9480573 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,C10 |
Chr6:9480584 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,B42 |
Chr6:9480603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | B105,B109,B115,B134,B139,B20,B32,B65,B71,B78,B93,B99,C17,C28,C34,C47,C51,C61 |
Chr6:9480619 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,D10 |
Chr6:9480649 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A16,B129,B130,B45,B74,C26,C28,D11,D5,D7,D9 |
Chr6:9480675 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C31,C76 |
Chr6:9480709 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,B11 |
Chr6:9480713 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B14,B31 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770678.1PF00078
RVT_1 449-608 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 671-769 aa
PF17917
RT_RNaseH 710-798 aa
PF13456
RVT_3 833-950 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770678.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 449 | 608 | 2.8e-33 | 116.2 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057770678.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 671 | 769 | 2.1e-19 | 70.1 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057770678.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 710 | 798 | 1.4e-12 | 48.4 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057770678.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 833 | 950 | 2.5e-17 | 63.7 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。