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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000990

染色体: Chr06 坐标: 9780960-9783909 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000990
名称SmilChr06G000990
描述uncharacterized SmilChr06G000990
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向9780960 - 9783909 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988524
GeneID130988524
locus_tag-
NCBI NameLOC130988524
原始查询SmilChr06G000990

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
产物Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT5G18510 (AT5G18510)
Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]
identity=21.5; qcov=0.489; evalue=2.04e-09; confidence=weak
RiceOs03g0565300
-
identity=23.9; qcov=0.29; evalue=3.33e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF10536 (PMD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988524

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768383.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768383.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768383.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768383.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057768383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:9781120 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A1,A7,A9,B111,B117,B118,B119,B123,B138,B31,B34,B41,B48,B5,B54,B55,B59,B6,B67,B7,B79,B82,B86,B89,B9,C50,C51,C61,C63,C67,C74,C78,C84,C86,D5
Chr6:9781306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B45,C40
Chr6:9781334 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 5 C1,C49,C54,C8,C9
Chr6:9781334 TA T 1bp_deletion CDS_variant 5 C1,C49,C54,C8,C9
Chr6:9781344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B123,B99,C44,C69
Chr6:9781351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr6:9781421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C14
Chr6:9781466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B64
Chr6:9781478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B64,C19
Chr6:9781542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:9781547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B64,C19
Chr6:9781562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768383.1
894 aa
N
1
447
894
PMD
C
PF10536 PMD 297-569 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768383.1 Pfam PF10536 PMD Domain 297 569 1.6e-27 97.4 Plant mobile domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912400.1
TCCTTTTGCTTGACTAGAATTTAATTCACATTTTATTTAAATGCAAATAAAATTCTTAAGTCTGGATGTGTTGCTTCCTTGCAGTGTCACGATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAATGGTCAAGACTATTTGCTGATCTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCACGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988524
ATGCAAATAAAATTCTTAAGTCTGGATGTGTTGCTTCCTTGCAGTGTCACGATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAATGGTCAAGACTATTTGCTGATCTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCACGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAATGGACCAGCGAGATCAGTTTGAACAAAGCGTCGAAGGCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768383.1
MQIKFLSLDVLLPCSVTMVVFKDIVVNGQDYLLILSDDEQETEMGTHLRVFPALIGHYVKPWPKLLNSLYQSEWTSEISLNKASKAHTLHPARPWQSEESNFLLTLRRRIIDKDAKWGRVTSFRGEFHFFEGYWEWTEDILSRCGNELRVVGIYDAVYASFFTYDCQPEMVKAFCEAWCPATNTILTSSGEMSISLWDLQYLSGLPCTGTLYDEVVPCAKEILGKDQFGNPFIPLSCRYLLSAYYSLKHRDGKDPKSSVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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