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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000993

染色体: Chr06 坐标: 9810713-9813662 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000993
名称SmilChr06G000993
描述glutathione hydrolase 3-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向9810713 - 9813662 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988527
GeneID130988527
locus_tag-
NCBI NameLOC130988527
原始查询SmilChr06G000993

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione hydrolase 3-like
产物glutathione hydrolase 3-like
ArabidopsisAT4G29210 (GGT4)
gamma-glutamyl transpeptidase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829042]
identity=65.4; qcov=0.879; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0151500
-
identity=60.8; qcov=0.789; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0006751 (glutathione catabolic process); GO:0036374 (glutathione gamma-glutamate hydrolase)
KEGGsmil00430 (Taurine and hypotaurine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00590 (Arachidonic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01019 (G_glu_transpept)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988527

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057768385.1
2 Lysosome 溶酶体 0.40000 XP_057768387.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057768387.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057768385.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057768385.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:9810891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:9810894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr6:9810917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr6:9810922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:9811235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C87,D2
Chr6:9811283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:9811333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr6:9811338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,D10
Chr6:9811349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr6:9811368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr6:9811424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,A7,D9
Chr6:9811428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768385.1
621 aa
N
1
310
621
G_glu_transpept
C
PF01019 G_glu_transpept 82-620 aa
XP_057768386.1
607 aa
N
1
304
607
G_glu_transpept
C
PF01019 G_glu_transpept 82-606 aa
XP_057768387.1
540 aa
N
1
270
540
G_glu_transpept
C
PF01019 G_glu_transpept 82-518 aa
XP_057768388.1
536 aa
N
1
268
536
G_glu_transpept
C
PF01019 G_glu_transpept 82-534 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768385.1 Pfam PF01019 G_glu_transpept Domain 82 620 9e-177 589.7 Gamma-glutamyltranspeptidase
XP_057768386.1 Pfam PF01019 G_glu_transpept Domain 82 606 6e-168 560.6 Gamma-glutamyltranspeptidase
XP_057768387.1 Pfam PF01019 G_glu_transpept Domain 82 518 2.8e-161 538.6 Gamma-glutamyltranspeptidase
XP_057768388.1 Pfam PF01019 G_glu_transpept Domain 82 534 1.6e-166 555.9 Gamma-glutamyltranspeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912404.1
ATAAAATATATATGACCCCCACCTCGAGAAAAGACCTTTAACAAACTCACACTGTCACACTCACACGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGTCTCTCTCCATCGGATAGTAGCAGAGAAAGAGAAGAGAGCGAGAGACTGGAGTAGATTAATGGCAAAAGGCTTAGAAGCTTCACTGATCGCCACAGATGGAAACAGCAGCAGGCGGAGGCGGTGGTCCAAAGCTCTGTTGCTCATACCTCTAACCATAGCCTTAGCATGC...
XM_057912405.1
GACCTTTAACAAACTCACACTGTCACACTCACACGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGTCTCTCTCCATCGGATAGTAGCAGAGAAAGAGAAGAGAGCGAGAGACTGGAGTAGATTAATGGCAAAAGGCTTAGAAGCTTCACTGATCGCCACAGATGGAAACAGCAGCAGGCGGAGGCGGTGGTCCAAAGCTCTGTTGCTCATACCTCTAACCATAGCCTTAGCATGCTTTTTTCTTAGAGAAAACTTTAATTTATGGGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130988527
ATGGCAAAAGGCTTAGAAGCTTCACTGATCGCCACAGATGGAAACAGCAGCAGGCGGAGGCGGTGGTCCAAAGCTCTGTTGCTCATACCTCTAACCATAGCCTTAGCATGCTTTTTTCTTAGAGAAAACTTTAATTTATGGGAGGATAAACATGATGATTCCTATTTGAAAGGAAAATTACAAACTAATAGTAGCTACATTGTGGAGTCTCAGCAAGCAGTCGTTGCTGCTGACGACGGTCGATGCTCTGAAATTGGTGT...
LOC130988527
ATGGCAAAAGGCTTAGAAGCTTCACTGATCGCCACAGATGGAAACAGCAGCAGGCGGAGGCGGTGGTCCAAAGCTCTGTTGCTCATACCTCTAACCATAGCCTTAGCATGCTTTTTTCTTAGAGAAAACTTTAATTTATGGGAGGATAAACATGATGATTCCTATTTGAAAGGAAAATTACAAACTAATAGTAGCTACATTGTGGAGTCTCAGCAAGCAGTCGTTGCTGCTGACGACGGTCGATGCTCTGAAATTGGTGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057768385.1
MAKGLEASLIATDGNSSRRRRWSKALLLIPLTIALACFFLRENFNLWEDKHDDSYLKGKLQTNSSYIVESQQAVVAADDGRCSEIGVMMLEKDGHAVDAAVATALCLGVVSPMSSGIGGGAFMVVRSSSSHIALAIDMRETAPAAASQNMYEYNAEAKSEGVLSMGVPGEIAGLHAAWLRFGKLPWKTLFEPAIRLAKEGFIVSPYVGSCISKQAEKIMNDPGLRKVYAPNGKLLKSGATCYNEELGNSLRAVAEQGAEA...
XP_057768386.1
MAKGLEASLIATDGNSSRRRRWSKALLLIPLTIALACFFLRENFNLWEDKHDDSYLKGKLQTNSSYIVESQQAVVAADDGRCSEIGVMMLEKDGHAVDAAVATALCLGVVSPMSSGIGGGAFMVVRSSSSHIALAIDMRETAPAAASQNMYEYNAEAKSEGVLSMGVPGEIAGLHAAWLRFGKLPWKTLFEPAIRLAKEGFIVSPYVGSCISKQAEKIMNDPGLRKVYAPNGKLLKSGATCYNEELGNSLRAVAEQGAEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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