当前解析结果
SmilChr06G000998| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000998 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000998 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 75-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 9881750 - 9886822 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988532 |
|---|---|
| GeneID | 130988532 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988532 |
| 原始查询 | SmilChr06G000998 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 75-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 75-like |
| Arabidopsis | AT4G29230 (NAC075)NAC domain containing protein 75 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829044] identity=63.5; qcov=1.11; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0191300 (ONAC003)- identity=58.5; qcov=1.02; evalue=1.01e-173; confidence=high |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988532 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057768397.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768397.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768397.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057768397.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057768397.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:9882462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr6:9882478 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C87,D2 |
Chr6:9882484 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr6:9882511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C87,D2 |
Chr6:9883106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C87,D2 |
Chr6:9883382 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C87,D2 |
Chr6:9883433 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr6:9883451 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:9883482 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr6:9883523 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B56,B96,C24 |
Chr6:9884088 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768397.1PF02365
NAM 48-189 aa
XP_057768398.1PF02365
NAM 48-189 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768397.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 48 | 189 | 2.7e-26 | 93.2 | No apical meristem (NAM) protein |
XP_057768398.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 48 | 189 | 2.7e-26 | 93.2 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。