Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001005`

染色体: Chr06 坐标: 9941455-9944330 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001005`
名称	SmilChr06G001005
描述	uncharacterized SmilChr06G001005
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	9941455 - 9944330 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988540`
GeneID	`130988540`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988540`
原始查询	`SmilChr06G001005`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DUF1005 family protein (DUF1005) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829053]; symbol=AT4G29310; hit=AT4G29310; species=arabidopsis; confidence=high
产物	DUF1005 family protein (DUF1005) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829053]; symbol=AT4G29310; hit=AT4G29310; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G29310` (AT4G29310) DUF1005 family protein (DUF1005) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829053] identity=59.01; qcov=0.992; evalue=1.38e-167; confidence=high
Rice	`Os03g0773000` - identity=45.25; qcov=1.0; evalue=1.66e-107; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF06219 (DUF1005)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988540

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057768405.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057768405.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:9941622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B52,B56,B63,B83,B96,C21
`Chr6:9941816`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr6:9941908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C87,D2
`Chr6:9941953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr6:9941979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B127,C17,C43
`Chr6:9943641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B115,B134,B71,C47
`Chr6:9943653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr6:9943664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr6:9943805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr6:9943881`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,A23
`Chr6:9944073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr6:9944116`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768405.1

389 aa

194

389

DUF1005

PF06219 DUF1005 1-319 aa PF06219 DUF1005 321-381 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768405.1`	Pfam	`PF06219`	DUF1005	Family	1	319	2.2e-132	443.0	Protein of unknown function (DUF1005)
`XP_057768405.1`	Pfam	`PF06219`	DUF1005	Family	321	381	2.2e-132	443.0	Protein of unknown function (DUF1005)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912422.1
GAGAAGAGAAGCGGCAAAATATTTCCACATACTAAATGAAATAGTCAATAGAAAAATGAAAACAAGAAACAGCTGATATCATACGGATCACTCTCGTTGGTATCACTCCCCTCATATAATTTTCCAAATCATCATTTGTGACCGAAAATGGATCCCTGCCCATTCGTTCGACTCATCGTGGAGTCACTAGCCCTCAATCTCCCCTCCTCCGCCGCCGCCACATGCTACGCCAAGCTCAAACTCCACAAGTTTCCTTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080392.1_cds_XP_057768405.1_31762
ATGGATCCCTGCCCATTCGTTCGACTCATCGTGGAGTCACTAGCCCTCAATCTCCCCTCCTCCGCCGCCGCCACATGCTACGCCAAGCTCAAACTCCACAAGTTTCCTTCCCAAACCCTCCCACTCCCAATCTCCGCCGCCGCAGACCCACCGCCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCACATTCCACCTAGACCCCGACGCCCTCCGCCTCTTCTCCAAGAAGCCTCTCACCACCCTCAAAATCTCCGTCTTCGCCGGCCGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768405.1
MDPCPFVRLIVESLALNLPSSAAATCYAKLKLHKFPSQTLPLPISAAADPPPSSSSSSTFHLDPDALRLFSKKPLTTLKISVFAGRAPRSCGVATGKLFGTLKLCVNLTNSRSRSCIYHSGWMKLGGVEEGEPAARLHLVVRSEPDPRFVFQFGGEPECSPVVFQIQENIRQPVFSCKFSADRSHRSRCVPSDLNKQQRGWGRTFCGGRERKGWMITVYDLSGSAVAAASMVTPFVPSPGSDRVCRSNPGAWLVLRPSGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器