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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001008

染色体: Chr06 坐标: 9971286-9973336 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001008
名称SmilChr06G001008
描述profilin-3-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向9971286 - 9973336 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988542
GeneID130988542
locus_tag-
NCBI NameLOC130988542
原始查询SmilChr06G001008

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述profilin-3-like
产物profilin-3-like
ArabidopsisAT5G56600 (PRF3)
profilin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835761]
identity=77.1; qcov=0.757; evalue=7.34e-76; confidence=high
RiceOs06g0152100 (OsPRF2)
-
identity=80; qcov=0.751; evalue=7.95e-79; confidence=high
GOGO:0003785 (actin monomer binding); GO:0005938 (cell cortex); GO:0042989 (GO:0042989)
KEGG-
PfamPF00235 (Profilin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057768407.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057768408.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057768408.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057768407.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057768407.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:9971324 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C24
Chr6:9971324 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C24
Chr6:9971387 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B136
Chr6:9971387 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 1 B136
Chr6:9972890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768407.1
131 aa
N
1
66
131
Profilin
C
PF00235 Profilin 1-131 aa
XP_057768408.1
173 aa
N
1
86
173
Profilin
C
PF00235 Profilin 43-173 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768407.1 Pfam PF00235 Profilin Domain 1 131 4.6e-46 156.8 Profilin
XP_057768408.1 Pfam PF00235 Profilin Domain 43 173 1.2e-45 155.4 Profilin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912425.1
GAAGTAGATTCGCACAGACCGCAAGCATAAAAAGTGATGATTGTAGGAAAGTCCACCGCACCATTCCTCATTTCCGTTGGTTTCACGCTATCATTCTCTCCCCTCCCTTTCTACACACACCACATTTACCACTGCTTCTATCTTCGCTTCTCCAGCGCAACCATGTCGTGGCAATCATACATAGACGACCACTTGATGGCCGATATCGACGGCTGCCACCTCACCGCCTCCGCCATCGTTGGCCACGACGGCAGCGTCTG...
XM_057912424.1
AGGAAAGTCCACCGCACCATTCCTCATTTCCGTTGGTTTCACGCTATCATTCTCTCCCCTCCCTTTCTACACACACCACATTTACCACTGCTTCTATCTTCGCTTCTCCAGCGCAACCATGTCGTGGCAATCATACATAGACGACCACTTGATGGCCGATATCGACGGCTGCCACCTCACCGCCTCCGCCATCGTTGGCCACGACGGCAGCGTCTGGGCCCAGAGCAACAACTTCCCACAGTTCAAGCCTGAGGAGGTAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988542
ATGATTGTAGGAAAGTCCACCGCACCATTCCTCATTTCCGTTGGTTTCACGCTATCATTCTCTCCCCTCCCTTTCTACACACACCACATTTACCACTGCTTCTATCTTCGCTTCTCCAGCGCAACCATGTCGTGGCAATCATACATAGACGACCACTTGATGGCCGATATCGACGGCTGCCACCTCACCGCCTCCGCCATCGTTGGCCACGACGGCAGCGTCTGGGCCCAGAGCAACAACTTCCCACAGTTCAAGCCTGA...
LOC130988542
ATGTCGTGGCAATCATACATAGACGACCACTTGATGGCCGATATCGACGGCTGCCACCTCACCGCCTCCGCCATCGTTGGCCACGACGGCAGCGTCTGGGCCCAGAGCAACAACTTCCCACAGTTCAAGCCTGAGGAGGTAACAGCTATCATGAATGACTTTGATAATCCCGGTTCGTTGGCTCCCACTGGATTGTACATTGGGGGAACTAAATACATGGTGATTCAAGGTGAGCCCAATGCCGTCATCCGAGGGAAGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057768407.1
MSWQSYIDDHLMADIDGCHLTASAIVGHDGSVWAQSNNFPQFKPEEVTAIMNDFDNPGSLAPTGLYIGGTKYMVIQGEPNAVIRGKKGSGGATIKKTTLALIIGIYDEPMTPGQCNMVVEKIGDYLIEQGL
XP_057768408.1
MIVGKSTAPFLISVGFTLSFSPLPFYTHHIYHCFYLRFSSATMSWQSYIDDHLMADIDGCHLTASAIVGHDGSVWAQSNNFPQFKPEEVTAIMNDFDNPGSLAPTGLYIGGTKYMVIQGEPNAVIRGKKGSGGATIKKTTLALIIGIYDEPMTPGQCNMVVEKIGDYLIEQGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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