Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001025

染色体: Chr06 坐标: 10172171-10175083 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001025
名称SmilChr06G001025
描述cytochrome B5-like protein
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10172171 - 10175083 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988558
GeneID130988558
locus_tag-
NCBI NameLOC130988558
原始查询SmilChr06G001025

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome B5-like protein
产物cytochrome B5-like protein
ArabidopsisAT1G60660 (CB5LP)
cytochrome B5-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842360]
identity=60.5; qcov=1.02; evalue=6.53e-50; confidence=medium
RiceOs08g0386300
-
identity=64.2; qcov=0.812; evalue=9.88e-43; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00173 (Cyt-b5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988558

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057768425.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057768425.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768425.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768425.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768425.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768425.1
117 aa
N
1
58
117
Cyt-b5
C
PF00173 Cyt-b5 45-115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768425.1 Pfam PF00173 Cyt-b5 Domain 45 115 2.5e-24 85.8 Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912442.1
TTTTCTGTTTCTTTTTTACTTTTTCTTTTCTGTCCTGCATCTGCAATCTGCATCTCTCCATTCTACTTCTCTCTCACTCTCACTCTCACTCACACTCACCGGTTCTCTCCCTTCCTAAGATTCGGCGTCTCTTCGCCGTCGACCACCACCACGACCACCCTCATCTGTCTATCCAATTTCTCTCTCTTACAACCCCCCACCCCTTTCTCTATCTCACAACCCCCGCTTCGTCCCAGCTCTGCAAGCAGCAGTGCGGGACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988558
ATGGATCTATTAATGCTGACATTATTTCTTGGATTTGTATCGGGCATGCTCATTCTAATCCCTCGACTTCGTAAATCTGATAGTGGAAAAAGGGCAGAGAAAAAGTTTACTTCTCAGGCATCCAAAGCATACACCAAAGCTGATGTTTCATCTCACAATAAGAGGACCGACTGTTGGATCATCATAAAAGATAAGGTGTATGATGTTACCTCCTATGTAGAGGAGCACCCTGGTGGTGATGCTATCCTTGCACATGCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768425.1
MDLLMLTLFLGFVSGMLILIPRLRKSDSGKRAEKKFTSQASKAYTKADVSSHNKRTDCWIIIKDKVYDVTSYVEEHPGGDAILAHAGDDSTEGFFGPQHATRVFDMIEDFYVGDLVK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器