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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001033

染色体: Chr06 坐标: 10254035-10256192 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001033
名称SmilChr06G001033
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向10254035 - 10256192 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988567
GeneID130988567
locus_tag-
NCBI NameLOC130988567
原始查询SmilChr06G001033

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G22410 (SLO1)
SLOW GROWTH 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816772]
identity=40.2; qcov=0.951; evalue=2.1e-154; confidence=medium
RiceOs09g0555400
-
identity=46.7; qcov=0.94; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988567

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768433.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768433.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768433.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768433.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057768433.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:10254092 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 20 A4,A5,B111,B136,B16,B41,B42,B55,B58,B59,B69,B85,B86,B89,B97,C39,C45,C50,C59,C79
Chr6:10254097 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 20 A4,A5,B111,B136,B16,B41,B42,B55,B58,B59,B69,B85,B86,B89,B97,C39,C45,C50,C59,C79
Chr6:10254346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr6:10254451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,B84
Chr6:10254627 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B121
Chr6:10254627 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B121
Chr6:10254638 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B121,B74
Chr6:10254638 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B121,B74
Chr6:10254662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr6:10254830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,C23,C6,C71,C80
Chr6:10255062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B83,C21
Chr6:10255569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B83,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768433.1
636 aa
N
1
318
636
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13812 PPR_3 89-137 aa PF13041 PPR_2 90-138 aa PF01535 PPR 94-123 aa PF01535 PPR 167-190 aa PF13041 PPR_2 193-237 aa PF13812 PPR_3 193-238 aa PF01535 PPR 195-225 aa PF01535 PPR 268-295 aa PF01535 PPR 296-319 aa PF13041 PPR_2 324-372 aa PF01535 PPR 327-354 aa PF01535 PPR 363-392 aa PF01535 PPR 399-425 aa PF13041 PPR_2 425-474 aa PF13812 PPR_3 426-472 aa PF01535 PPR 428-457 aa PF01535 PPR 463-488 aa PF01535 PPR 501-525 aa PF20431 E_motif 543-605 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768433.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 89 137 6.3e-32 110.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768433.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 90 138 1.6e-71 237.0 PPR repeat family
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 94 123 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 190 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 193 237 1.6e-71 237.0 PPR repeat family
XP_057768433.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 193 238 6.3e-32 110.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 195 225 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 295 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 296 319 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 324 372 1.6e-71 237.0 PPR repeat family
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 327 354 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 363 392 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 399 425 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 425 474 1.6e-71 237.0 PPR repeat family
XP_057768433.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 426 472 6.3e-32 110.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 428 457 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 463 488 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 501 525 5.6e-68 221.3 PPR repeat
XP_057768433.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 543 605 5.9e-15 56.0 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912450.1
AAAAAAAAAGAATGAGAGGGAGAGAGTAGATAGTTTTTTATTCGAGGAGAAAAAAAGAGCACTTGCATATGCAAAGAGAGAAAACGGCCGTGAGAAAAATAGAAGGGTGTGATTACTTAAGTAGTGAATGTGGAGTTTACACAAAAATGAAGCTGCGTTCTATAAATTTCTGAGAAACGGTGAAAGGTATACCAATGCTTAAATTGTCCAAGCATCCGACCGTTATTTCTCGTTGCAAACATACTTTCTCACTCTTCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988567
ATGCTTAAATTGTCCAAGCATCCGACCGTTATTTCTCGTTGCAAACATACTTTCTCACTCTTCCTACACACTTCCACCGCCCCAAATTTCGATCATCTGATCGAAAAATGCTCGTCGATGAGCCATCTGAAAGCCCTCCAGGCCCAAATCACCATCCGTGGCCTCGCCGGCGACGCGGTCTCCGTTAGCAAGCTCGTATCTTTCTGTGCTCTATCTGCTTCTGGTGACCTTCATTACGCACACTACCTGTTCGAAAAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768433.1
MLKLSKHPTVISRCKHTFSLFLHTSTAPNFDHLIEKCSSMSHLKALQAQITIRGLAGDAVSVSKLVSFCALSASGDLHYAHYLFEKITQPNRHIYNTLIRAFSCGRSSDKAIFLYLKMVRFGISPNEFTFPSLLKACAFQKACVEGISVHLQALKLGFSESYVMVQNGFINFYASCGMIECARKVFDRMEFTNLVSWNSMINGYAKVGLWEEAFLLFGGMREDGIEPNGRTFVSLLSVSSRIYDVELGKFVHWYIEINGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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